拉氏图（又名 Ramachandran 图，[φ,ψ]图， α-碳与酰胺平面交角图，英名 Ramachandran plot, Ramachandran diagram, 或 [φ,ψ] plot），起初是于1963年被 G. N. Ramachandran，C. Ramakrishnan 和 V. Sasisekharan 提出的，是一种使蛋白质结构中，主链氨基酸残基的二面角 ψ 和 φ 可视化的方法。Ramachand...
考研的小伙伴们可以把拉氏变换和Z变换表格打印出来,每天背一背。
拉氏构象图，根据蛋白质中非键合原子间的最小接触距离，确定了哪些成对二面角（Φ、Ψ）所规定的两个相邻肽单位的构象是允许的，哪些是不允许的，并且以Φ为横坐标，以Ψ为纵坐标，在坐标图上标出，该坐标图称拉氏构象图（The Ramachandran Diagram）。可用来鉴定蛋白质构象是否合理。实线封闭区域 一般允许区，非...
Ramachandran plot(拉氏图)是由G. N. Ramachandran等人[1]于1963年开发的,用来描述蛋白质结构中氨基酸残基二面角ψ和φ是否在合理区域的一种可视化方法。同时也可以反映出该蛋白质的构象是否合理。 在介绍Ramachandran plot前有必要简单说明一下二面角。 图一 ...
这里我们就简单的做一个Python的脚本,可以用来读取pdb文件,生成对应的拉氏图,用来判断对应的蛋白质构象是否合理,也可以用来比较两个同类蛋白之间的构型差异。 脚本与使用方法 先把下面这个Python脚本文件保存到本地为rplot.py: # rplot.py """ README Run this script with command: ```bash $ python3 rplot...
拉氏图（又名 Ramachandran 图， [φ,ψ]图， α-碳与酰胺平面交角图，英名 Ramachandran plot, ...
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拉氏图（Ramachandran图）是1963年由G. N. Ramachandran, C. Ramakrishnan和V. Sasisekharan提出的，用于可视化蛋白质主链氨基酸残基的二面角φ和ψ的工具。拉氏图表示的是α碳的两面角，φ表示一个肽单位中α碳左边C-N键的旋转角度，ψ表示α碳右边C-C键的旋转角度。理论上，由于分子各个基团的空间...
拉氏构象图数据可以通过多种方式进行分析,包括角度分布、能量最小化、稳定性评估、二级结构预测等。其中,角度分布是最常用的方法之一,通过分析拉氏构象图上各个二面角(φ和ψ)的分布,可以判断蛋白质的构象是否合理。对于一个合理的蛋白质构象,二面角的分布应该集中在特定区域,如右手α螺旋、β折叠和左手α螺旋区域。通...