RNA-seq数据分析通常包括以下几个步骤:数据预处理、序列比对、定量分析、差异表达分析、功能注释和可视化。其中,序列比对是RNA-seq数据分析的关键步骤之一,因为它直接影响到后续的基因定量和差异表达分析。序列比对的目的是将测序获得的reads(短序列片段)与参考基因组或转录组进行匹配,从而确定这些reads来源于哪些基因或转...
在RNA-Seq数据分析中,FineBI可以提供强大的数据可视化和分析功能。FineBI是帆软旗下的一款商业智能工具,能够帮助研究人员对大规模数据进行深入分析和挖掘。通过FineBI,研究人员可以轻松创建各种图表和报表,进行实时数据监控和分析,提升数据分析的效率和准确性。FineBI支持多种数据源的集成和处理,为RNA-Seq数据分析提供了...
简单解释一下,gene.list是想要查看的基因集(最后只会找出RNAseq基因ID中能找到的);project_code是项目代码,比如TCGA-LUAD,这里也可以当job id设置,用以区分;project.clinical与project.exp就是临床信息数据集和RNA表达数据集(如果引用非TCGA数据集时变量名对不上,自己改下哈);outdir设置输出文件目录;ID_transform...
exprSet <- tpms boxplot(exprSet,outline=FALSE, notch=T,col=group_list, las=2) library(limma) exprSet=normalizeBetweenArrays(exprSet) boxplot(exprSet,outline=FALSE, notch=T,col=group_list, las=2) #判断数据是否需要转换 exprSet <- log2(exprSet+1) #差异分析: dat <- exprSet design=mod...
首先是RNA-seq数据 链接是:ncbi.nlm.nih.gov/geo/qu GSM4514055 RNA-seq_Fli1KO_rep1 GSM4514056 RNA-seq_Fli1KO_rep2 GSM4514057 RNA-seq_Fli1KO_rep3 GSM4514058 RNA-seq_Fli1KO_rep4 GSM4514059 RNA-seq_Fli1KO_rep5 GSM4514060 RNA-seq_WT_rep1 GSM4514061 RNA-seq_WT_rep2 GSM4514062 RNA-...
所以总结下来,我们RNA关联生存分析就是需要两个东西: 基因表达矩阵(行名为gene symbol,有些直接下载下来的是芯片探针号,所以需要用GPL文件来转化一下) 上面整理好的clinic数据 我们可以直接用函数导出expression数据矩阵 exprSet<-exprs(gset[[1]]) #exp即为表达矩阵 ...
RNAseq数据,下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析 文献标题是:Oncogenic lncRNA downregulates cancer cell antigen presentation and intrinsic tumor suppression不过不需要看文章 6个样本,分成2组,是RPKM值表达矩阵,做差异分析,看GO通路,跟文章比较 新的作业:(f) Enrichment of GO biological process (BP) terms for...
Oncogenic lncRNA downregulates cancer cell antigen presentation and intrinsic tumor suppression不过不需要看文章,大家只需要做差异分析即可,这个时候需要注意的是,作者提供的是RPKM值表达矩阵! 1.下载数据GSE113143并加载数据 代码语言:javascript 复制 a=read.table('GSE113143_Normal_Tumor_Expression.tab.gz',sep=...
GSM4514062 RNA-seq_WT_rep3 非常简单而且常规的差异分析,图表如下所示: 常规的差异分析呢,基本上看我六年前的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文即可; 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够 解读SRA数据库规律一文就够 从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够 ...
最后是RNA-seq和ATAC-seq数据整合分析 首先ATAC-seq数据差异分析拿到的 differentially accessible (DA) peaks 可以去对应到基因组的基因,然后RNA-seq数据通常就有差异表达基因,两个基因集就可以取交集,做韦恩图: 韦恩图和散点图 可以看到,这个图里面并没有秀全部的基因,仅仅是差异的那些,RNA-seq和ATAC-seq数据各...