AlignmentViewer是一款用于查看和编辑序列比对结果的可视化工具。它具有直观易用的图形界面,可以清晰地展示序列比对结果,包括匹配、错配和插入/删除等区域。此外,它还支持多种比对算法和格式(如FASTA、ClustalW等格式),提供灵活的参数设置,以满足不同用户的需求。 用途:主要用于查看、编辑和解释序列比对结果。它可以帮助...
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）可以说是短序列比对中最常用的比对工具了，它不仅支持核酸和蛋白的双序列比对，而且可以在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较，找到与查询序列相似的序列。NCBI上的在线BLAST具有四种功能模块：Nucleotide BLAST(核酸序列比对到核酸库)、Protein BLAST（蛋白序列比对到蛋白...
DNA双序列比对工具对比两条DNA序列,决定最优的全局匹配方式。此工具用于查找保守区。 输入原始序列或FASTA格式序列,长度限定在2000以内 >sequence one gcgcgtgcgcggaaggagccaaggtgaagttgtagcagtgtgtcagaagaggtgcgtggc accatgctgtcccccgaggcggagcgggtgctgcggtacctggtcgaagtagaggagttg 输入原始序列或FASTA格式序列,长度限定...
常用在线序列比对工具 1、EBI 提供的在线比对服务 成对序列比对 (PSA):此工具专门用于比较两个序列的相似性,适用于快速的一对一序列分析,尤其适用于初步筛选和识别潜在的功能或结构相似性。 多序列比对 (MSA):多序列比对可以同时比对多个序列,适用于更复杂的进化关系研究或群体分析,能够揭示多个序列之间的共同特征和...
从早期序列比对工具Needleman-Wunsch、Smith-Waterman到后来的Clustal算法,以及近几年的Muscle、MAFFT序列比对算法。算法在向更快、更精确、能处理更多数据这些方向进行缓慢而有力的发展。常用的在线序列比对工具主要由EMBL-EBI提供,包括但不限于Needle, Water, Clustal Omega, Muscle, Mafft, T-coffee等,以及NCBI提供的...
序列比对工具从早期的Needleman-Wunsch、Smith-Waterman到后来的Clustal,逐渐发展到了最近的Muscle、MAFFT序列比对方法。算法在向更快、更精确、能处理更多数据的方向发展。常用的在线序列比对方法主要由EMBI-EBI提供,包括但不限于Needle,Water,Clustal,Muscle,Maafft和T-...
1. Blast/FASTA:单序列blast 2. BlastKOALA: 多序列批量的blast 3. KEGG mapper:检索pathway 的通路图以及修改通路图 4. GhostKOALA:mega注释与通路 5. KEGG Atlas:数据库中的通路,全局查看 6. SIMCOMP:化合物结构查看 目前比较常用的是前面3种,今天我们重点介绍一下多序列比对。总的来说,只要下面3个步骤就可...
从早期序列比对工具Needleman-Wunsch、Smith-Waterman到后来的Clustal算法,以及近几年的Muscle、MAFFT序列比对算法。算法在向更快、更精确、能处理更多数据这些方向进行缓慢而有力的发展。常用的在线序列比对工具主要由EMBL-EBI提供,包括但不限于Needle, Water, Clustal Omega, Muscle, Mafft, T-coffee等,以及NCBI提供的...
常用的在线序列比对工具主要由EMBL-EBI提供,包括但不限于Needle, Water, Clustal Omega, Muscle, Mafft, T-coffee等,以及NCBI提供的blast2seq工具;常用的序列相似性搜索工具有NCBI提供的BLAST、UCSC提供的BLAT等。EMBL-EBI与NCBI同时期也开发了一套序列相似性搜索工具FASTA,然后最终没能流行起来。BLAST一家独大,BLAT...
从早期序列比对工具Needleman-Wunsch、Smith-Waterman到后来的Clustal算法,以及近几年的Muscle、MAFFT序列比对算法。算法在向更快、更精确、能处理更多数据这些方向进行缓慢而有力的发展。常用的在线序列比对工具主要由EMBL-EBI提供,包括但不限于Needle, Water, Clustal Omega, Muscle, Mafft, T-coffee等,以及NCBI提供的...