那么就可以把该区域的region放大,只显示该区域 出下图: 局部共线性 ZoomRegion功能 即在新的版本 1.38后的版本之后,画局部区域的基因结构,不必把坐标相应减去前面的值,只要用ZoomRegion参数就可以。 别外: 之前有人用了特殊区域 用不同颜色表示CDS UTR 感觉并不是很好看,问能不能更优化。 原图 经考虑,添加如下...
我们所说的局部共线性,也就是目标基因所在的染色体区域在物种间的共线性情况,所以我们需要所有物种的基因序列(也就是cds序列)查找同源基因对,同时需要准备相应的基因的坐标文件,在染色体上对基因进行定位,然后根据软件检索到的同源基因对来确定共线性区域的范围: 首先,使用jcvi软件包中的工具将gff文件转换为只保留基因...
jcvi这个工具可以做这个基因组局部的共线性,jcvi的链接 https://github.com/tanghaibao/jcvi 如果有数据用ggplot2来做可能可定制性会高一些 准备数据 每个区间的bed文件 水稻 代码语言:javascript 复制 Chr42850000028600000 玉米 代码语言:javascript 复制 21765000018050000 然后用bed文件和对应的gff文件取交集提取区间内的...
1. 分析4个物种之间共线性区域 我们主要研究黑麦和其他物种之间的局部(chr1)共线性关系。首先将bed中的1号染色体的相关的区域提取出来。注意:小麦是异源6倍体,有三个亚基因组,因此提出3个小麦的bed文件:xiaomai1A、xiaomai1B、xiaomai1D。cds文件也需要准备对应的个数,且注意cds和bed文件的前缀名应一致,以便于...
前面的都是整个基因组的共线性分析(宏观共线性),其实还可以做局部基因水平的共线性分析(微观共线性)。以葡萄与桃子为例,其方法如下: 1.基因水平的共线性搜索 $ python -m jcvi.compara.synteny mcscan grape.bed grape.peach.lifted.anchors --iter=1 -o grape.peach.i1.blocks 其中参数 --iter=1 表示提取...