在样本采集方面，研究团队在真实复杂群落中进行定殖抗性的预测，通过自主招募24位志愿者搜集不同种类的肠道菌群，并使用12种不同的抗生素处理方法，得到了超三百个体外培养的肠道菌群样品，并最终通过测序确定定殖结果。团队选择了致病菌屎肠球菌和益生菌嗜黏蛋白阿克曼菌这两类在肠道中常见的外来入侵微生物，在粪便来源...
对于两个不同物种的定殖实验数据集,机器学习模型均可以基于肠道菌群的初始物种组成来准确预测定殖结果。 图2. 对于来自不同个体的肠道菌群,开展外源物种的定殖实验并对实验结果进行预测。 研究团队通过机器学习模型,开展移除特定物种的假想实验,进一步...
3 定殖抗性 栖息在哺乳动物肠道中的成熟、复杂的微生物群阻止了外来肠道致病菌在肠腔中的生长和毒力因子的表达。这种保护被称为定殖抗性(CR)。CR归因于一系列不同的机制,包括以下几方面: 1. 抑制代谢:肠道微生物菌群将膳食纤维发酵并转化为短链脂肪酸(SCFA)。醋酸盐可以通过阻止甲硫氨酸的合成来抑制Escherichia co...
在该研究中,研究团队提出了微生物生态学的数据驱动的研究范式,通过收集不同微生物群落的组成和外源菌定殖结果作为训练数据,运用机器学习模型准确预测外源物种(致病菌或益生菌)在肠道菌群中的定殖结果,并推断验证了能够显著提高定殖抗性的关键物种。 深圳先进院合成所助理研究员吴璐和哈佛大学博士后王旭文为共同第一作者,...
在该研究中,研究团队提出了微生物生态学的数据驱动的研究范式,通过收集不同微生物群落的组成和外源菌定殖结果作为训练数据,运用机器学习模型准确预测外源物种(致病菌或益生菌)在肠道菌群中的定殖结果,并推断验证了能够显著提高定殖抗性的关键物种。 深圳先进院合成所助理研究员吴璐和哈佛大学博士后王旭文为共同第一作者,...
在该研究中,研究团队提出了微生物生态学的数据驱动的研究范式,通过收集不同微生物群落的组成和外源菌定殖结果作为训练数据,运用机器学习模型准确预测外源物种(致病菌或益生菌)在肠道菌群中的定殖结果,并推断验证了能够显著提高定殖抗性的关键物种。 深圳先进院合成所助理研究员吴璐和哈佛大学博士后王旭文为共同第一作者,...
进一步研究发现,当按蚊体表接触C6-HSL时,能够促进沙雷氏菌在蚊子肠道内的定殖丰度,进而增强其对疟原虫的定殖抗性。因此,C6-HSL这一环境友好的分子为提高共生菌在蚊虫肠道内的定殖能力以及对抗疟原虫感染提供了新方法。例如,我们可以考虑将这...
笔者利用适合在芽孢杆菌中复制与表达的穿梭质粒pMarA,通过电转化将其转入芽孢杆菌B9601一Y2菌株,并以抗性基因标记分析Y2菌株在大白菜和烟草根部的定殖与消长动态,旨在为研究该菌株防病促生长的作用机制和将其作为生物制剂的开发与应用提供科学依据。1材料与方法1.1供试材料芽孢杆菌Y2菌株是由笔者所在实验室分离保存的...
进一步研究发现,在正常和辣椒疫霉菌胁迫条件下,HK9-3均能稳定定殖在植株根际,进而调节番茄根系构型、提高叶片光合效率和叶片防御酶(POD、SOD、CAT、APX和PAL)活性以及上调PR蛋白和抗氧化相关基因的表达来促进植株的生长并增强番茄对疫霉菌胁迫的抗性。此外,接种HK9-3菌株显著改善了土壤微生态,提高了根际土壤细菌和...
内源耐药基因和宿主可能是外源耐药基因定殖和加速耐药基因传播的关键。通过结合内源和外源ARGs的研究，可以更好地揭示抗性基因的传播机制和生态影响，明确内源、外源耐药基因对农田环境耐药污染的作用，是农业细菌耐药性发展的重要一环，也能为制定科学的ARGs管理策略提供更全面的理论支持。编辑：张丹丹校对 | 审核：潘...