对这些样本进行宏基因组(n = 194)和宏转录组(n = 180)测序,并将测序结果映射到VIRGO,这是一个非冗余的、全面的阴道微生物组基因目录,以确定宏基因组和宏转录组的分类组成(图1)。宏基因组组成代表菌群的相对丰度,而宏转录组组成代表菌群的相对活性(附表1)。 研究人员首先确定一个物种的相对丰度是否与其相对转...
宏转录组测序可原位研究特定生境特定时空下微生物群落中活跃菌种的组成以及活性基因的表达情况。结合理化因素的检测,宏转录组可研究多样本间由于理化等指标的差异,时空上不同微生物群落间活跃成分组成的差异分析。结合宏基因组测序,宏转录组测序可研究活跃菌种以及高...
展开全部 由于宏转录组以环境中转录本为研究对象,分析结果中体现的是活跃/不活跃物种;宏基因组体现的是优势物种,除此之外两者的分析内容基本一致。宏转录组配合16s rDNA测序和宏基因组,可全面地揭示科学问题。 本回答被提问者采纳 已赞过 已踩过< 你对这个回答的评价是? 评论 收起 1条折叠回答 其他类似问题...
微生物群落的功能概况通常是使用全面的宏基因组或宏转录组序列读取搜索生成的,这很耗时,容易出现虚假映射,并且通常仅限于群落水平的量化。我们开发了 HUMAnN2,这是一种分层搜索策略,可以对宿主相关和环境群落进行快速、准确和物种解析的功能分析。HUMAnN2 识别社区的已知物种,将读数与其泛基因组对齐,对未分类的读数执行...
humann2是humann1的升级版可实现快速宏基因组宏转录组的物种和功能定量同时提供功能通路内物种组成信息软件在文章发表前已经在圈内广泛使用关于它的使用教程请参阅公众号之前关于此软件的教程和相关流程的文章 NatureMethod:HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析 HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成...
2、目前,多项研究尝试从单细胞和空间转录组数据中挖掘微生物序列来解决这一限制,例如,通过物种注释分类工具,如kraken2,分析测序数据,区分宿主序列和宏基因组序列,之后根据在细胞间,样本间出现的频率以及无菌细胞系中的微生物丰度数据作为阴性对照,实现控制污染排除噪音。另一种分析思路是利用常规的单细胞和空间转录组数...
分析单细胞和空间转录组数据中的宏基因组的方法和装置专利信息由爱企查专利频道提供,分析单细胞和空间转录组数据中的宏基因组的方法和装置说明:本发明公开分析单细胞和空间转录组数据中的宏基因组的方法和装置。本发明通过严格的质量控制,比对人类基因...专利查询请上爱
宏转录组测序可原位研究特定生境特定时 空下微生物群落中活跃菌种的组成以及活性基因的表达情况。结合理化因素的检测,宏转录组可研究多样本间由于理化等指标的差异,时空上不同微生物群落间活跃成分组成的差异分析。结合宏基因组测序,宏转录组测序可研究活跃菌种以及高表达基因的组成情况,揭示特定环境因子影响下菌种的适应...
宏转录组测序可原位研究特定生境特定时空下微生物群落中活跃菌种的组成以及活性基因的表达情况。结合理化因素的检测,宏转录组可研究多样本间由于理化等指标的差异,时空上不同微生物群落间活跃成分组成的差异分析。结合宏基因组测序,宏转录组测序可研究活跃菌种以及高表达基因的组成情况,揭示特定环境因子影响下菌种的适应性...
HUMAnN是一款快速宏基因组功能组成定量工具,第一版2012年发表于PLoS computational biology (当年还没有影响因子,最新17年3.9,历史最高14年4.6),截止2018年11月1号Google Scholar统计引用557次。 HUMAnN2是HUMAnN1的升级版,可实现快速宏基因组、宏转录组的物种和功能定量,同时提供功能通路内物种组成信息,软件在文章发...