例如，在设计针对某一激酶基因的 siRNA 时，要先分析其 mRNA 序列的二级结构，找到合适的相对线性的区域作为靶序列。序列特异性：siRNA 序列应该具有高度特异性，避免与其他非靶基因的 mRNA 有同源序列。可以通过 BLAST 等工具在基因组数据库中进行比对，确保设计的序列只针对目标基因。一般要求 siRNA 序列与其他基因...
2.options参数设置:可以根据个人需要设置 Target range,因为GC含量在30%-52%的siRNA 序列,基因沉默效果好,所以可以将GC含量控制在这个范围,填写好参数以后,可以点击design siRNA ,进行引物设计。 3.筛选siRNA引物:根据我们上面列出的siRNA引物设计原则选择3对最佳的引物序列,复制相应的引物序列整理成表,交给公司合成引物。
随后将siRNA片段进行Blast分析,尽量选择与靶基因特异结合的序列,进行化学合成后,通过体外实验筛选出沉默效率最高的siRNA 序列进行下一步的基因功能研究。 PS:有的siRNA序列在设计时没有遵守这些指导方针,但经实验证明也具有很高的干扰效应,这表明,我们只能根据上述指导方针设计出理论上具有较高沉默效应的siRNA序列,siRNA...
2、控制siRNA长度:siRNA 长度在 19-25 之间。 3、siRNA特异性检查:确保 siRNA 在靶序列之外没有高于总序列碱基数目 78% 的相同碱基。 4、siRNA碱基优化:控制 siRNA 的 G/C 碱基含量为 30%-50% 左右,第十位碱基最好是 A/U。 对于那些不想自己费心设计,或是需要批量设计的读者,也可使用现存的大量线上 si...
siRNA 基因沉默效率取决于靶序列和 siRNA 两部分。 对于靶序列选择,我们需要避免选择基因内含子、5'UTR、3'UTR 设计 siRNA。UTR 存在的丰富调控蛋白结合位点可能影响 RISC 和靶序列的结合。一般来说 RNAi 沉默最佳靶序列区域是基因 CDS 转录起始位点下游 50-100bp。
关于siRNA的设计与合成,其关键在于实现高度的靶标特异性,这对于siRNA转染实验来说可谓是至关重要的。不合理的序列设计可能导致siRNA与靶基因的结合亲和力降低,即所谓的“脱靶效应”或者引发潜在的非特异性基因沉默,从而影响转染效率。此外,siRNA序列中的GC含量也会对转染效率产生影响。一般来说,GC含量适中(约40%-60%...
在排除转染效率影响的前提下,大家在做 RNAi 时经常遇到的沉默效率不理想和脱靶现象,最重要的影响因素就是 siRNA 设计。 siRNA 基因沉默效率取决于靶序列和 siRNA 两部分。 对于靶序列选择,我们需要避免选择基因内含子、5'UTR、3'UTR 设计 siRNA。UTR 存在的丰富调控蛋白结合位点可能影响 RISC 和靶序列的结合。一般...
siRNA的3’末端突出碱基通常选择UU,其基因抑制效率最高,但是3’端应避免GG结构,因为RNase会降解以G为末尾的RNA单链。 二、siRNA引物设计步骤 siRNA 有很多在线设计网站,接下来以两个经典网站为例,给大家详细介绍如何设计siRNA引物? siDirect 设计网站:http://sidirect2.rnai.jp ...
siRNA的3’末端突出碱基通常选择UU,其基因抑制效率最高,但是3’端应避免GG结构,因为RNase会降解以G为末尾的RNA单链。 二、siRNA引物设计步骤 siRNA 有很多在线设计网站,接下来以两个经典网站为例,给大家详细介绍如何设计siRNA引物? siDirect 设计网站:http://sidirect2.rnai.jp ...
siRNA设计步骤 以人siglec15基因为例,首先通过NCBI找到该基因有一个转录本 NM_213602.3,将NM号或者CDS序列复制到网站(https://rnaidesigner.thermofisher.com/rnaiexpress/)中。 点击RNAi Design,导出设计结果 注:若靶基因有多个转录本,则需要把所有NM号对应的CDS序列进行比对,得到共有序列CCDS,针对CCDS进行设计。