首先,分析了景观基因的基本概念及其形成背景;其后从景观基因提取、图谱构建、GIS的应用等方面论述了历史文化村镇景观基因的研究现状;最后以黄陂大余湾历史文化名村为例,对其景观基因进行识别和图谱构建,以期为城市化进程中中国历史文化村镇的保护与发展...
EMOGI是一个用于识别癌症基因的半监督节点分类方法。MTGCN模型尝试通过多任务学习（即引入了链接预测子任务）在表征中加入更多的拓扑信息以此来识别基因与基因之间的相互作用。实验结果如图2所示，作者将SMG与目前SOTA的方法在8个癌症基因识别任务中进行性能比较。可以发现GraphMae2的性能相对较低，可能是由于在自监督训练...
一、使用 IslandViewer4 识别基因组岛 基因组岛是细菌或古细菌基因组中位置相邻的外源基因集群,通常与 tRNA 基因整合在一起,通常编码病原体的毒力因子如抗菌素耐药性基因,编码与环境适应性相关的新基因如金属抗性基因,以及毒物代谢基因如...
PPI网络中识别的关键基因主要包含在WGCNA分析的蓝色模块中,包括CCNA2,AURKA,AURKB和FEN1。GO分析表明,蓝色模块与细胞周期有关,也与PPI子模块分析一致。这表明这四个基因可能在LUSC的发展中起关键作用。因此,我们将这四个基因CCNA2,AURKA,AURKB和FEN1定义为与LUSC相关的中枢基因。免疫组化(IHC)结果表明,它们在LUSC中...
结合拟南芥数据进行细胞分群与分析方法验证,并利用RNA原位杂交技术进行了marker基因验证。 主要结果 1、杨树营养茎尖细胞图谱 对测序数据进行处理并进行Seurat聚类,共获得18个clusters。基于拟南芥及杨树中已知的marker基因对其进行注释,共揭示了8种细胞类型:表皮毛(TRI)、叶肉细胞(MC)、表皮细胞(EC)、茎端分生组织细胞(S...
脆性X综合征(FXS)是由脆性X基因引起的一种疾病。在人群中，FXS的发病率大约是1/4000-1/8000。男性和女性患者的比例不同，女性携带者尤其危险，她们所生育的孩子可能会患上严重的突变型。因此，如何识别女性脆性X基因携带者成为预防该病的关键。脆性x基因的遗传规律是怎么样?男性和女性均可为致病基因的携带者，...
Google今天推出了一个名叫DeepVariant的开源工具，用深度神经网络来从DNA测序数据中快速精确识别碱基变异位点。学科研究的革命性进展，特别是基因学上，需要依赖于新技术的出现。比如桑格发明了测序法之后，才实现了人类基因组的测序。再比如DNA（微阵列）芯片技术的诞生，使得大规模的基因测序成为可能。这些技术让我们能够...
接下来,我们探讨了能否识别在灵长类中受到约束而在其他有胎盘哺乳动物中没有受到约束的蛋白编码基因和外显子。我们估计了在人类基因组中注释的规范蛋白质编码外显子中的灵长类和非灵长类哺乳动物序列限制,并确定了179,329个具有5%误差发现率的限制证据的灵长类外显子。预期的是,这些外显子中有99%在非灵长类哺...
RNA剪接的第一步是U1 snRNP识别5’端剪接位点（5’ splice site，5’ss）。该过程是一直被认为是通过碱基互补配对实现的，以AG/GUAAG为最佳组合，一些与之相似的序列也可以被识别，但是+1和+2位的G和U是极其保守的。5’ss的序列变异会导致替代5’ss的出现，这不仅影响到基因的编码序列和功能，也会影响到基因...
基因识别非编码区分析方法主要包括密码子频率分析和ORF识别等。密码子频率分析：这种方法通过分析DNA序列中密码子的使用情况，来推断非编码区的特征。由于非编码区不参与蛋白质的编码，其密码子的使用频率可能与编码区存在差异。通过比较这些差异，可以帮助识别非编码区。ORF识别：ORF是DNA序列中可能编码蛋白质...