线条——基因和通路之间的关联性,每条通路对应一种颜色的线条,并连接到富集的基因上。 小明:内容相当丰富!那这个“圈图”是用什么工具画出来的? 小编:这是用R包enrichplot内置的cnetplot函数绘制出来的,它将基因与它们所富集到的功能通路之间的复杂联系用网络图清晰地展现出来,同时还展示了基因的差异表达变化,和“...
用圆形网络图的形式展示从属关系,美观大方,例如展示pathway富集结果基因的表达量,单细胞中不同细胞类型中高表达的基因,物种分类关系等。
为了鼓捣这个图也是费了一番功夫,这种网络图与ggtree这些是同源的感觉,是不过是曲线而已,主要是用ggraph包。重点在于构建作图数据。大类用大的节点,放在圆内部,周围一圈是节点,外部点的大小这里我用的是基因的P值,实际中可以用实际的数据。这个图的用处,我想到的有:(1)这种通络富集图,展示通路下包含的基因。(2...
1.把结果保存下来,使用excle挑通路, 2.把挑好的通路,转换成cytoscape 的形式画图。 代码和做法 # 首先,获得kegg的结果kk<-enrichKEGG(gene=deg4$ENTREZID,keyType="kegg",organism="mmu",qvalueCutoff=0.05,pvalueCutoff=0.05)##通路的基因是entrezid,但是后面我们做网络图,就需要转换成symbol,(tip:senrichGO...
为了鼓捣这个图也是费了一番功夫,这种网络图与ggtree这些是同源的感觉,是不过是曲线而已,主要是用ggraph包。重点在于构建作图数据。大类用大的节点,放在圆内部,周围一圈是节点,外部点的大小这里我用的是基因的P值,实际中可以用实际的数据。这个图的用处,我想到的有:(1)这种通络富集图,展示通路下包含的基因。(2...
简介:微生信上传的科技视频:具有从属关系(如通路基因细胞基因,物种组成等)的圆形网络图,粉丝数159,作品数69,免费在线观看,视频简介:用圆形网络图的形式展示从属关系,美观大方,例如展示pathway富集结果基因的表达量,单细胞中不同细胞类型中高表达的基因,物种分类关系等。
从棕色和蓝色模块中鉴定候选hub基因MM和GS分数在棕色和蓝色模块中彼此呈强正相关(图3G,H)。在brown...
基因调控网络图谱和信号通路分析是基于现代生物信息学技术分析的一种方法。在基因调控网络中,不同的基因相互作用,一个基因调控多个其他基因或受多个基因调控,形成一个复杂的网络结构。信号通路则是一种复杂的生物系统,它指导了细胞适应环境的各种反应。而基因调控网络图谱和信号通路分析就是通过分析基因调控网络和信号通路...
我给个思路,可以从TCGA上下载乳腺癌的miRNA-seq数据和基因表达数据。具体操作:1、筛选差异显著的miRNA...
分享一个可用于多变量通路富集分析的R包ActivePathways,该R包可识别在基因列表或矩阵中代表性过高的基因集,例如pathways或GO terms。ActivePathways使用数据融合方法将多个组学数据集结合起来,根据数据集中信号的显著性和方向对基因进行优先级排序,并对这些优先基因进行通路富集分析。因此我们可以找到由单个或多个组学数据集...