我们以目的基因X来进行实战分析 (1) 提取基因X的基因区SNP bcftools filter All.vcf.gz --regionschr:start-end > GeneX.vcf #chr:基因X所在的染色体;start:基因X起始位点;end:基因X终止位点。可以检索基因组gff文件获得 (2) 重新编码vcf文件的基因型 我们这里主要针对双等位基因vcf文件进行分析,vcf中包含./....
(2) 重新编码vcf文件的基因型 我们这里主要针对双等位基因vcf文件进行分析,vcf中包含./.,0/0,0/1,1/1四种基因型。 编码对应表(转换后 - 转换前):Java脚本也可以实现替换基因型 生成haplo.txt文件,没有表头。(3) 基因单倍型图谱 ...