1、通过vcftools计算FST 命令行如下: ./vcftools --vcf input_data.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out pop1_vs_pop2 其中,input_data.vcf就是输入的vcf格式 population_1.txt的格式如下: population_2.txt的格式同population_1.txt,只有一列sample名字的信息。
FST:genetic differences among population FCT:genetic differences among groups defined a priori FSC:genetic differences among population within groups。
1、通过vcftools计算FST 命令行如下: ./vcftools --vcf input_data.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out pop1_vs_pop2 其中,input_data.vcf就是输入的vcf格式 population_1.txt的格式如下: population_2.txt的格式同population_1.txt,只有一列sample名字的信息。
使用vcftools或者gcta计算群体间固定指数(Fixation index,FST) 2018-03-15 11:22 −... 橙子牛奶糖 5 8946 利用vcftools比较两个vcf文件 2019-12-11 20:27 −因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件。 使用命令也很简单: 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file...