双序列全局比对主要是依据Needleman-Wnnsch算法来进行 整个过程分为三步 1.设置一个矩阵:第一条序列长m,沿x轴排列,第二条序列长n,沿y轴排列 2.设置打分矩阵,根据适当的打分公式来对对应的碱基进行打分,有四种情况:1.两碱基完全匹配2.不匹配3.第一条序列引入空位4.第二条序列引入空位 3.反向寻找最佳比对,通...
1.掌握序列比对线上工具使用 2.掌握双序列比对算法——Needleman-wunsch算法 三.实验数据工具及步骤 1. 利用序列比对线上工具做序列比较 在Swiss-port下载蛋白序列,以BRCC3_HUMAN和 BRCC3_MOUSE的蛋白质序列为例,利用EMBL 网站的双序列比对工具 2.Blast线上工具使用 同样利用NCBI网站blast在线分析,blastp 3.实现Ne...
动态规划算法双序列全局比对优化
动态规划算法双序列全局比对优化.ppt,浅谈动态规划算法的优化 序列比对 对序列的研究是近代生命科学研究中的一个关键而基本的问题,生物序列比对也是生物信息学研究中最基本、最重要的操作。 概念:序列比对就是运用某种特定的数学模型或算法,找出两个或多个序列之间的最大
浅谈动态规划算法的优化
一种基于动态规划的全局双序列比对优化算法
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通信延迟和存储容量的异构机群系统,考虑通信启动开销,基于可分负载理论,提出一种双序列全局比对问题并行处理的最优分配策略,利用该策略确定出并 行迭代次数和分配给各个从处理机的子序列长度.异构PC机群系统上的实验结果表明,提出的双序列全局比对并行算法优于基于平均分配策略的并行比对算法,获 得良好的加速和可扩展性...
序列比对是生物信息处理中非常重要的一类方法,基本的序列比对算法是基于动态规划思想提出的.本文提出了一种基于动态规划思想的全局双序列比对优化算法(Optimized Global Pairwise Sequence Alignment based on the idea of Dynamic Programming)OGP-SADP,在保持基本动态规划敏感性的前提下,GOPSA方法计算替换矩阵时只需存储当...
使用Perl编程语言实现了双序列全局比对Needleman Wunsch算法,以及双序列局部比对Smith Waterman算法。该资源也可在github上下载:https://github.com/GouXiangJian/two_seq_alignment Perl Needleman_Wunsch Smith_Waterman2019-07-05 上传大小:5KB 所需:38积分/C币 ...