单细胞全基因组测序技术，是在单细胞水平对全基因组进行扩增与测序的一项新技术。其原理是将分离的单个细胞的微量全基因组DNA进行无偏扩增，获得高覆盖率的完整的基因组后进行高通量测序，用于揭示细胞群体差异和细胞进化关系。内容 从方法学角度来看，获得高覆盖率高保真性的全基因组扩增产物是准确全面的测序结果的...
单细胞多组学分析中常用的几种单细胞单组学分析捕获方法包括:(1)捕获几十个或几百个细胞的低通量方法,例如激光捕获显微解剖和机器人显微操作等;(2)捕获几万个细胞的高通量方法,包括荧光活化细胞分选(FACS),然后是基于平板的分离,以及使用带有微流控通道和反应室或纳米孔的微流体平台。低通量方法保留了隔离细胞...
2.软件过滤:doubletfinder预测多胞 表达特征相似的细胞在高维空间中彼此之间距离更近。而DoubletFinder生成人工模拟的doublets表达谱,并将它们掺入原始单细胞表达数据进行聚类,原则上人工模拟的doublets会与真实的doublets距离较近。因此计算每个细胞K最近邻细胞中人工模拟doublets的比例(pANN),就可以根据pANN值对每个原...
1、什么是单细胞多组学?(Single Cell Multi-Omic) 就目前技术而言,我们对一批细胞采集好的数据后只能得到它一个维度信息,比如,使用scRNA-seq时,我们能够得到这些细胞的基因的整体表达数据,但是不清楚它的DNA甲基化修饰和蛋白质组数据。单细胞多组学技术(single-cell multimodal omics) 是指在同一细胞中同时测量多...
既可以通过全转录组分析发现新的细胞类型和状态,又可以采用感兴趣的靶向基因表达基因组合来重点搜索。有了这些最新的改进,单细胞免疫分析 v2 大大提高了灵敏度,能够实现稀有细 胞群体和稀有表型的检测。大规模和高分辨率的全面免疫表型分析从未变得如此触手可及。
多胞率(Multiplet Rate):<8% ; 捕获效率:30~60% ; 3、寻因生物:SeekOne双平台体系(微孔板平台+液滴油包水平台) 寻因生物有单细胞标记两大主流技术:油包水法SeekOne®DD和微孔芯片法SeekOne®MM(Microwell & Magnetic Beads)。 1)微孔芯片法MM ...
CellPhoneDB也是比较常见的细胞通讯工具,但其基于pathon,需要提前安装pathon包,由于篇幅限制这里不作为主要展示,感兴趣的同学可以参考以下帖子自学:单细胞分析之细胞交互-1:CellphoneDB - 简书 http://events.jianshu.io/p/38a9376f5286 或细胞间通讯教程|| cellphonedb ...
单细胞测序是指在单个细胞水平上对DNA或RNA进行扩增与测序的一项技术。质谱流式技术(Mass Cytometry)也称为飞行时间流式细胞仪 (CyTOF)
一、单细胞表观基因组测序技术 文章从单细胞染色质状态、三维基因组、组蛋白修饰和转录因子结合、DNA甲基化和染色质状态/转录组双组学五个方面进行了综述。 表观遗传调控是基因调控网络的核心,对了解转录是如何被调控的,以及表观遗传记忆是如何在干细胞及其分化后代中建立和维持的提供了重要见解。细胞的表观基因...