单细胞测序(single cell sequencing),简称 scRNA-seq,顾名思义,就是能对单个细胞进行测序,提供了在单细胞水平观测基因表达的方法,可以更好地研究这些组织及其中存在的不同类型的细胞。将达到单细胞水平的分辨率。 二、为什么要做单细胞测序? 人类各种组织之间细胞的类型,状态和相互作用差异巨大。而单细胞RNA测...
CellChat:单细胞测序-细胞互作 细胞间信息传递有两种方式,一种是细胞表面配受体的相互作用,另一种通过细胞产生的可溶性小分子,即细胞因子。在单细胞数据的中下游分析中,我们经常会关注某几种细胞类型之间的相互作用,这样我们就可以做一个配受体分析。然而单细胞转录组测序中所检测的是基因的表达量,而配体和受...
单细胞测序是指在单个细胞水平上对DNA或RNA进行扩增与测序的一项技术。质谱流式技术(Mass Cytometry)也称为飞行时间流式细胞仪 (CyTOF)
作者将BacDrop应用于革兰氏阴性的大肠杆菌(E. coli)、肺炎克雷伯菌(K. pneumoniae)、铜绿假单胞菌(P. aeruginosa)以及革兰氏阳性的屎肠球菌(E. faecium) 每种菌株都分别用一套独特的CB1标记,然后将CB1条码标记的细胞汇集起来进行第二轮的滴定标记和文库构建。
临床标本通常是速冻或石蜡包埋,冷冻过程扰乱了细胞质膜而不是核膜。对于这些样本,分离单个细胞核后对gDNA和细胞核mRNA进行单细胞多组学分析仍然是可能的,但对胞浆mRNAs的分析可能会导致错误的结论。然而,对于新鲜组织,长时间暴露于解离酶或广泛的机械切割可分别导致mRNAs和蛋白质的降解或扰动。
CellPhoneDB也是比较常见的细胞通讯工具,但其基于pathon,需要提前安装pathon包,由于篇幅限制这里不作为主要展示,感兴趣的同学可以参考以下帖子自学:单细胞分析之细胞交互-1:CellphoneDB - 简书 http://events.jianshu.io/p/38a9376f5286 或细胞间通讯教程|| cellphonedb ...
① 报告了作为BRAIN Initiative Cell Census Network(BICCN)的哺乳动物初级运动皮层的多模式细胞普查和图谱的生成,这是通过协调大规模分析单细胞转录组、染色质可及性、DNA甲基化组、空间分辨单细胞转录组、形态和电生理特性及细胞分辨率输入输出映射,通过跨模态计算分析集成实现的,促进了对脑细胞类型组织的整体认识...
单细胞生物(共25张PPT)人教版生物七年级上册 细胞怎样构成生物体 多个细胞 组织 器官 系统 动物体 或人体 动物体或人体结构一和功个能细的胞基本单位 许多形态相似,结构、功 能相同的 细胞联合在一 起形成的细胞群。 由不同的组织按照一定的次序联合起来,形 成具有一定功能的结构。 由能够共同完成一种或几...
随着单细胞测序技术快速普及,仅仅是单细胞转录组层面已经不足以全面解决问题,因为在高度协调的生物系统中,从基因到转录本再到蛋白会受到各种途径的调控,包括表观基因组调控和各种DNA/RNA修饰的调控,因此结合scATAC可以分析单细胞级别的染色质可及性,结合单细胞蛋白质组学可以分析细胞内部和细胞表面的蛋白质表达情况...