单细胞测序是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组，更大更复杂的人类细胞基因组。简介 细胞是生物学的基本单位，研究人员正更加努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。更大更复杂的人类细胞基因组。随着测序成本的大幅度下降，破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并逐个细胞比较序列正在变为现实。最常见...
基于二代测序平台的单细胞基因组测序技术(scWGS)作为一种功能强大的工具,能够在单细胞层面研究全基因组水平的遗传变异,包括拷贝数变异(CNV)和单核苷酸变异(SNV)等,进而可用于研究细胞间的遗传异质性、细胞谱系分化、以及克隆演化等问题。然而,二代测序平台虽然具有测序准确度高的优点,...
单细胞的核心思想就是把细胞一个个测给你看,就数据本形式上来说与普通转录组并没有什么明显的差异,但是有几点需要明确: 1、单细胞的细胞类型并不能代表实际组织中细胞类型的分布,比如10X由于建库中存在机械力那么脆弱的细胞很容易破碎不易被捕获到。另外,比如胰腺里的细胞,由于含酶量超标,细胞捕获效率也非常离谱。
单细胞RNA-seq(scRNA-seq)顾名思义就是单个细胞进行转录组测序,那么什么是RNA-seq呢? 细胞无时无刻都在发生反应,假如我们现在有一台照相机,能够定格记录下在某一时刻细胞的照片,当我们记录足够多的照片时,我们就能将各个帧连起来,形成视频,通过电脑播放出来,这就能知道细胞做了啥。
单细胞全基因组测序技术，是在单细胞水平对全基因组进行扩增与测序的一项新技术。其原理是将分离的单个细胞的微量全基因组DNA进行无偏扩增，获得高覆盖率的完整的基因组后进行高通量测序，用于揭示细胞群体差异和细胞进化关系。内容 从方法学角度来看，获得高覆盖率高保真性的全基因组扩增产物是准确全面的测序结果的保障...
聚类(Clustering)主要是依据细胞-细胞距离矩阵将细胞归属到数目不等的类群中,使高度相似的细胞尽最大限度地聚为一个类群,目标是探究或鉴定组织样本中细胞类型或亚型。 目前在单细胞 RNA 测序数据分析中最流行的聚类策略有层次聚类(Hierarchical clustering)和分割聚类(Partitioning clustering)。 单细胞相关基础知识还有很...
一、单细胞ATAC测序是什么？单细胞ATAC测序，我们首先要理解一个重要概念：染色质。染色质是由DNA和蛋白质组成的结构，是基因在细胞核中的“栖息地”。但是，DNA并不是随时随地都能被读取的。它有时候被紧紧地“打包”起来，处于一种不活跃的状态；而在某些时候，它会变得松散、暴露出来，允许细胞中的分子机器读取...
一般分为有监督聚类和无监督聚类两种模型,两种模型在单细胞数据中均有一定的应用,而在本章中,我们主要介绍的是无监督聚类。 我们首先计算了单细胞测序数据中的邻域图,我们使用KNN最近邻算法进行计算,一般来说,我们会使用细胞的主成分(PCA)来作为细胞的特征向量,然后基于细胞的特征向量来构建KNN图。不过,邻域图的...
单细胞的种类介绍 概括 单细胞生物主要分有核和无核的单细胞。 有核的如草履虫就是典型的有核单细胞生物。有核单细胞生物主要由细胞核、细胞质、还有细胞器。它包括：线粒体、高尔基体、核糖体、细胞膜、这是动物型单细胞。如果是植物型单细胞比如 红藻，就是细胞壁、细胞核、细胞质，它的细胞器就包括线粒体...