5.进行差异表达分析:一旦用户有了这个细胞名称的向量,他们就可以将这些细胞设置为一个新的身份类别,并使用Seurat或其他工具进行差异表达分析。差异表达分析可以帮助研究人员了解这些细胞与其他细胞在基因表达上的差异,从而揭示它们可能具有的独特功能或状态。 举例来说,如果树突状细胞(DCs)在聚类分析中与单核细胞混合在一...
主要流程包括:数据质控; data normalization; scaling; 计算高变基因; 线性降维; 非线性降维; 细胞聚类; 细胞类型鉴定等 2.1 QC and selecting cells for further analysis:数据质控和过滤 在每个细胞中检测到的独特基因的数量: 低质量的细胞或空液滴通常只有很少的基因数, 一个油滴包裹多个细胞可能表现出异常高的...
最终作者鉴定出了柱状细胞、肾细胞、血细胞、隔细胞、神经细胞以及滋养细胞并通过FISH染色实验定位各个细胞类型的标记基因对其分布位置进行验证。 图二:脊尾白虾鳃的单细胞转录组测序流程分析 03 脊尾白虾鳃组织单细胞组间差异分析 完成细胞注释之后,作者想要知道高碱胁迫下各个细胞亚群的比例会不会发生变化,经过细胞...
单细胞数据分析/入门必看/标准分析流程/实战为主/保姆级教程/生物信息学/R语言/生信分析/单细胞/转录组/单细胞测序共计22条视频,包括:0. 单细胞转录组简介、1. 常用单细胞R包的安装、2. 单细胞Seurat对象的层级结构,单细胞数据分析等,UP主更多精彩视频,请关注UP账号。
单细胞专题 | 1.单细胞测序(10×genomics技术)的原理 单细胞专题 | 2.如何开始单细胞RNASeq数据分析 单细胞专题 | 3.单细胞转录组的上游分析-从BCL到FASTQ 单细胞专题 | 4.单细胞转录组的上游分析-从SRA到FASTQ 单细胞专题 | 5.单细胞转录组的上游分析-从FASTQ到count矩阵 单细胞专题 | 6.单细胞下游分析...
单细胞分析是指从单个细胞层面对基因表达、蛋白质活动或其他生物分子进行研究的技术。这种分析方法可以揭示细胞异质性和个体细胞之间的细微差异。单细胞分析的一般流程如下。 1.样本准备: 首先要通过组织解离或流式细胞分选等方法获取单细胞悬液。 2.单细胞捕获与逆转录: ...
单细胞测序数据分析/多样本单细胞SeuratV5标准流程分析全代码/单细胞转录组最新教程/单细胞数据一键分析/单细胞Harmony整合去批次/单细胞实战/入门共计19条视频,包括:单细胞SeuratV5标准流程全代码、单细胞数据下载和读取、单细胞txt&csv&h5格式多样本批量读取整合分析等
本期是单细胞转录组的基础分析部分,我们都知道,细胞注释是数据分析中非常关键的一步,也是后续所有高级分析的基础。在这个系列中,将带你从Seurat单样本分析流程,到多样本整合、去批次、自动注释、寻找差异基因、富集分析,最后给每个亚群分配标签,以及非常丰富的可视化内容,手把手带你进入单细胞转录组的世界。 常见问题 ...
单细胞分析流程是一种从生物样品中的单个细胞中获取数据的方法,用于衡量细胞的内部和外部状态。它可以帮助研究人员了解单细胞之间的差异,以及如何在不同细胞类型之间形成完整的组织。 该流程包括以下步骤: 1.样品准备:样品准备是根据所选分析技术来定义的,考虑细胞稳定性、神经毒性和形状保留等因素。 2.分离:使用特殊...
SingleR自动注释以及注释要点讲解点赞是我更新的动力!代码见评论置顶~SingleR 是一种用于单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据的自动化细胞类型注释工具。它通过已知细胞类型的参考数据集来推断新样本中的细胞类型。优势自动化和高效:无需手动设置 marker 基因,自动完成注释