单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
在真实数据集的对比中,scAGDE在大多数数据集上超越了其他11种方法,特别是在细胞数量较多的数据集(如Lung、Liver)中,展现了其优越的适应性和聚类精度。此外,scAGDE在运行时间和内存使用上表现合理,优化了计算效率与精度的平衡,使其适用于...
2024第五课:单细胞ATAC数据分析 数据分析atac数据分析单细胞 视频文本 温馨提示:文本由机器自动转译,部分词句存在误差,以视频为准 00:01 好,哎,时间差不多了。我们来上我们的第5课啊,第5课哎,单细胞的这个a tag的数据分析。啊,我不知道大家对a tag的数据接触的有多少啊,我相信应该是比较少的啊。啊,是多方...
维度下降和可视化,数据整合,去除批次等等,大家前面的一个基础标准流程呢,基本和单细胞是呃,说法是一样的,只是内部的算法会有一些区别啊,有一些区别啊等到一些个性化分析,像轨迹分析啊,呃,P水平的一个差异分析啊,啊包括这个肿瘤因子的motive motif分析啊,包括food print分析,包括单细胞空间啊,单细胞联合等等这个这一...
SCENIC全称Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering,即单细胞调控网络与聚类,常用于转录因子分析,主要利用单细胞转录组测序数据来构建gene regulatory network (GRN)基因调控网络。其算法如上图,主要包括下面三个部分: (a)根据用户输入的转录因子列表,通过单细胞表达矩阵,推断物种的哪些基因与提供的转录因...
主流的分析:scATAC基础分析、单细胞RNA和ATAC联合分析、ATAC的区域差异分析、ATAC的多样本联合分析、多组学分析(ATAC + RNA)。 大家只要玩明白其中的一个,单细胞联合ATAC分析就不是问题。 今天我们分享的是snapATAC2,2024年1月发表于Nature Methods。 Standard pipeline ...
主流的分析:scATAC基础分析、单细胞RNA和ATAC联合分析、ATAC的区域差异分析、ATAC的多样本联合分析、多组学分析(ATAC + RNA)。 大家只要玩明白其中的一个,单细胞联合ATAC分析就不是问题。 今天我们分享的是snapATAC2,2024年1月发表于Nature Methods。 Standard pipeline ...
当合并多个单细胞染色质数据集时,我们必须注意到,如果每个数据集都是独立的进行peak calling,则它们得到的peaks可能不是完全一致的。Seurat在处理时会把所有不完全相同的peaks视为不同的features。因此,我们在合并完多个数据集后需要创建一组通用的peaks。
本发明公开了一种单细胞ATAC‑seq数据分析方法,通过提取单细胞分辨率的染色质可达性特征峰序列中转录因子‑DNA结合基元的所属种类、相对位置、长距离依赖关系等众多转录调控语法规则,从而更全面地表示单个细胞的功能状态和高阶特征。此外,本发明方法利用获取的转录调控语法规则、细胞功能状态和高阶特征,一站式地实现染...
ArchR主要接受scATAC-seq原始数据的两种常见输出格式：BAM文件和fragment文件。BAM文件是二进制格式下的排序文件，记录了片段、原始数据和细胞条形码等信息。fragment文件记录了片段以及对应的细胞ID。选择何种文件取决于上游处理流程，例如10XGenomics的CellRanger软件输出的是fragment文件，而sci-ATAC-seq流程则输出...