经验软阈值power当无向网络在power小于15或有向网络power小于30内,计算出的power无法达到要求时(即没有一个power值可以使无标度网络图谱结构R^2达到0.8且平均连接度降到100以下),可采用经验power值: 2. WGCNA运行 主要参考修改自以下代码: GEO/task4-NPC at master · jmzeng1314/GEO ·GitHub手把手10分文章WGC...
但是就其分析的过程来看,还是需要有一定R语言的基础才能完整的复现出来文章中的结果,这期就搞出来供大家参考,因为我自己尝试了一下结直肠癌的数据集,但是有些地方不太理想,故还是有软件包自带的数据来运行,终结起来就是输入两个文件,其他就是根据自己的数据集进行过滤,筛选,最终确定一个满意的基因集。
二、WGCNA 代码教程 2.1 加载所需的R包 加载WGCNAR包 #install.packages("WGCNA") #BiocManager::install('WGCNA') library(WGCNA) 进行基础设置,(此步骤可以省略) options(stringsAsFactors = FALSE) enableWGCNAThreads() ## 打开多线程 2.2 加载数据矩阵 WGCNA.fpkm = read.table("WGCNA.inputdata.txt",heade...
R语言进行WGCNA 加权基因共表达网络分析,保姆级教程,每一条代码均添加详细注释,或许值得你的一键三连呢, 视频播放量 20600、弹幕量 5、点赞数 487、投硬币枚数 380、收藏人数 959、转发人数 153, 视频作者 盛夏的果实丶丶, 作者简介 没有个性,就不签名了 Q:3526506301
加权基因共表达网络分析R包WGCNA纸鱼的世界 立即播放 打开App,看更多精彩视频100+个相关视频 更多 2.7万 60 01:06 App 给点流量吧!这样我真扛不住!买生物针都不够! 1643 0 04:29 App GEO基因表达信息库在线工具:差异表达分析软件GEO2R 51.7万 133 00:30 App 浓硫酸蘸饺子 8.0万 135 03:54 App ...
WGCNA R包根据表达数据构建“加权基因共表达网络分析”。最初发表于 2008 年,引用如下: 更多信息 Installing WGCNA install.packages(c("tidyverse", "magrittr", "WGCNA")) Overview The WGCNA pipeline is expecting an input matrix of RNA Sequence counts. Usually we need to rotate (transpose) the input...
#SFT.R.sq:Scale Free Topology Model Fit,表示拟合模型的拟合度,通常用R^2衡量。较高的值表示模型更好地拟合数据。 # slope:表示软阈值幂次与拟合模型的斜率,通常用于衡量网络的无标度拓扑结构。一般来说,斜率绝对值越小,模型越能保持无标度拓扑结构。
allowWGCNAThreads()#允许R语言程序最大线程运行 enableWGCNAThreads()# 打开多线程 2.导入数据 myfiles<-list.files(pattern="*FPKM.csv")myfiles resdata<-read.table(myfiles[1],sep=',',header=T,row.names=1) 2.1 矩阵转置 Expr<-as.data.frame(t(resdata[,10:ncol(resdata)]))#names(Expr)=re...
采用R软件中的WGCNA包对GSE10072所有基因间的相关模式进行了研究,获得与临床信息相关的基因模块。计算各基因间Pearson相关系数,构建加权邻接矩阵amn=|Cmn|β,其中amn代表基因m与基因n的邻接系数;Cmn代表基因m与基因n的皮尔逊相关系数,通过选...
在R包分析路径下，主要关注模块基因聚类热图、模块与模块间相关性热图、模块与样品的相关性热图、模块内基因表达模式图和模块基因关系节点文件。这些结果提供了模块基因间连接、模块间关系以及模块与特定样品（表型）关联性的直观展示，帮助深入分析基因网络。通过综合理解以上内容，读者可以更好地应用WGCNA分析...