其主要技术流程大致为:准备蛋白与配体文件—前处理—确认对接盒子—对接查看结果。分子对接结果从左往右依次为蛋白配体结合其中红色代表高亲和力结合位点,绿色代表低亲和力位点,蓝色代表水分子或溶剂与蛋白质表面的相互作用位点;中间为小配体结构;右侧为结合模式,其中结合模式中粉色代表形成静电力的氨基酸,绿色代表形成范德华...
分子对接:揭示分子间的完美契合 分子对接技术通过模拟小分子(配体)与大分子(受体)之间的相互作用,预测它们的最佳结合模式。这一过程类似于锁与钥匙的关系,只有精确匹配,才能发挥预期的生物学效应。分子对接不仅有助于理解药物的作用机制,更是新药筛选和优化的重要手段。 其主要技术流程大致为:准备蛋白与配体文件—前处...
分子对接(Molecular docking)与分子动力学模拟(Molecular dynamics simulation)是计算生物学中重要的一部分,在生物学研究中不断发挥着重要的作用。分子对接与分子动力学技术可以深入地阐述分子间的相互作用,并可以形象地解释相互作用的机理,特别是在药物开发中有着重要的应用,目前已经成为阐述生物学机理的重要研究方法。分子...
分子对接是一种基于生物信息学的模拟方法,它评估分子(如精油和靶蛋白)之间的相互作用,并通过计算机平台预测它们的结合模式和亲和力。本研究考察了佛手柑精油(BEO)的化学组成和抗菌活性,并利用分子对接研究了BEO主要成分与靶蛋白之间相互作用的机制,这些机制与抗菌活性和细胞内抗氧化机制相关。结果表明,BEO的主要成分是芳...
分子对接(Molecular docking)与分子动力学模拟(Molecular dynamics simulation)是计算生物学中重要的一部分,在生物学研究中不断发挥着重要的作用。分子对接与分子动力学技术可以深入地阐述分子间的相互作用,并可以形象地解释相互作用的机理,特别是在药物开发中有着重要的应用,目前已经成为阐述生物学机理的重要研究方法。分子...
分子对接是一种基于生物信息学的模拟方法,它评估分子(如精油和靶蛋白)之间的相互作用,并通过计算机平台预测它们的结合模式和亲和力。本研究考察了佛手柑精油(BEO)的化学组成和抗菌活性,并利用分子对接研究了BEO主要成分与靶蛋白之间相互作用...
分子对接(Molecular docking)与分子动力学模拟(Molecular dynamics simulation)是计算生物学中重要的一部分,在生物学研究中不断发挥着重要的作用。分子对接与分子动力学技术可以深入地阐述分子间的相互作用,并可以形象地解释相互作用的机理,特别是在药物开发中有着重要的应用,目前已经成为阐述生物学机理的重要研究方法。分子...
分子对接(Molecular docking)与分子动力学模拟(Molecular dynamics simulation)是计算生物学中重要的一部分,在生物学研究中不断发挥着重要的作用。分子对接与分子动力学技术可以深入地阐述分子间的相互作用,并可以形象地解释相互作用的机理,特别是在药物开发中有着重要的应用,目前已经成为阐述生物学机理的重要研究方法。分子...
🔬 分子对接、MD模拟、DFT计算,这些是科研工作中常用的计算方法。在Materials Studio中,我们可以进行分子动力学和DFT计算,包括过渡态和反应路径的计算。 🎨 此外,我们还能绘制能量阶梯图、计算能级轨道(HOMO和LUMO分子轨道)、静电势以及分子间相互作用。 🛠️ 无论是聚合物三维建模、超晶胞纳米粒子构建,还是分子...
该文从分子模拟的概念出发,首先介绍了分子对接、分子动力学和量子力学3种分子模拟技术的基本原理,重点综述了分子对接技术(基于AutoDock和Discovery Studio软件)、分子动力学技术(基于GROMACS和Materials Studio软件)和量子力学技术(基于Gaussian软件)...