🌐 能带、态密度、声子谱、光学性质:使用CASTEP模块可以计算这些物理性质,有助于理解晶体的电子结构和光学行为。 🔄 分子对接Blends:通过分子对接模拟,可以预测分子间的相互作用和结合能力。 📋 MS脚本:使用MS脚本可以进行各种计算,如热导率、玻璃化转变温度、氢键数量、外应力和外加电场等。 📈 应力应变:通过...
分子对接(Molecular docking)与分子动力学模拟(Molecular dynamics simulation)是计算生物学中重要的一部分,在生物学研究中不断发挥着重要的作用。分子对接与分子动力学技术可以深入地阐述分子间的相互作用,并可以形象地解释相互作用的机理,特别是在药物开发中有着重要的应用,目前已经成为阐述生物学机理的重要研究方法。分子...
其主要技术流程大致为:准备蛋白与配体文件—前处理—确认对接盒子—对接查看结果。分子对接结果从左往右依次为蛋白配体结合其中红色代表高亲和力结合位点,绿色代表低亲和力位点,蓝色代表水分子或溶剂与蛋白质表面的相互作用位点;中间为小配体结构;右侧为结合模式,其中结合模式中粉色代表形成静电力的氨基酸,绿色代表形成范德华...
分子对接结果从左往右依次为蛋白配体结合其中红色代表高亲和力结合位点,绿色代表低亲和力位点,蓝色代表水分子或溶剂与蛋白质表面的相互作用位点;中间为小配体结构;右侧为结合模式,其中结合模式中粉色代表形成静电力的氨基酸,绿色代表形成范德华力的氨基酸,红色代表形成不利影响的氨基酸。此外还得根据配体与蛋白之间结合能推测...
🎈 分子对接能告诉我们分子之间的结合模式和亲和力,但为什么还要进行分子动力学模拟呢?🌟 分子对接的方法有三种:刚性对接、半柔性对接和柔性对接。即使是相对精确的柔性对接,也只能让蛋白质活性口袋的几个氨基酸残基在一定范围内变化。因此,分子对接无法完全体现蛋白质的整体运动。🕒...
前言分子对接(Molecular docking)与分子动力学模拟(Molecular dynamics simulation)是计算生物学中重要的一部分,在生物学研究中不断发挥着重要的作用。分子对接与分子动力学技术可以深入地阐述分子间的相互作用,…
分子对接是一种基于生物信息学的模拟方法,它评估分子(如精油和靶蛋白)之间的相互作用,并通过计算机平台预测它们的结合模式和亲和力。本研究考察了佛手柑精油(BEO)的化学组成和抗菌活性,并利用分子对接研究了BEO主要成分与靶蛋白之间相互作用...
食品科学新发文:分子对接与分子动力学模拟将成为食品领域未来,已被很多课题组引入!,蛋白,组学,核酸,化学,配体,食品科学,分子对接,分子动力学
前言分子对接(Molecular docking)与分子动力学模拟(Molecular dynamics simulation)是计算生物学中重要的一部分,在生物学研究中不断发挥着重要的作用。分子对接与分子动力学技术可以深入地阐述分子间的相互作用,并可以形象地解释相互作用的机理,特别是在药物开发中有着重
半柔性对接:半柔性对接方法允许对接过程中小分子构像发生一定程度的变化,但通常会固定大分子的构像,另外小分子构像的调整也可能受到一定程度的限制,如固定某些非关键部位的键长、键角等,半柔性对接方法兼顾计算量与模型的预测能力,是应用比较广泛的对接方法之一。 柔性对接:柔性对接方法在对接过程中允许研究体系的构像...