3.5 分子动力学模拟 将整个生物体系构建完成之后,使用gmx grompp命令,进行分子动力学模拟; ##md.mdp为配置文件,在文末下载 gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr -maxwarn 1 gmx mdrun -deffnm md_0_1 -nb gpu #-nb gpu调用GPU进行计算,可加速 分子动力学...
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o center.pdb -dt 1000 选择蛋白质,1 运行后得到md_0_1_noPBC.xtc文件,这是居中后的体系文件,用于后续分析,这里我们可以可视化一下刚刚生成的center.pdb文件(pymol),这里记录蛋白运动1000帧的动画,时长00:10 2.2 去除平衡转动 上面的动画我们发现整...
首先，需要准备受配体文件。分子对接计算是MD模拟的前序步骤，用于确定分子复合物的稳定结合状态。通常，使用Vina或其他分子对接软件，结合能量低于-7.0 Kcal/mol的复合物被视为稳定结合。基于此，本文将使用先前的分子对接结果进行MD模拟，并将流程整合，方便后续使用。在MD模拟开始前，可视化受配体复合物...
MD模拟有一个基本的假设,即原子之间的半经验相互作用势函数可以有足够精确的精度来描写体系原子之间的相互作用,并可应用到象蛋白质分子这样复杂的体系中去。 原子相互作用势可表为直角坐标 及一系列力参数S的函数。 (2.9) 势函数U可以分解为不同类型相互作用之和,例如可以把相互作用势按相互作用原子的个数进行分解...
properties分子动力学(MolecularDynamics,简称MD)模拟就是在给定的原子间相互作用势的情况下,结合牛顿力学的基本原理,通过对原子核和电子所构成的多体系统求解牛顿运动方程得到体系中原子核的运动过程,进而计算出体系的结构和性质,其中每一个原子核可视为在全部其他原子核和电子的作用下运动。1957年Alder和Wainwright[1]...
分子动力学模拟（MD）与分子对接（Docking）在药物发现领域各司其职，虽都用于预测分子间的相互作用，但其核心目的与应用范围存在显著差异。MD模拟专注于提供高度精确、接近现实的分子动态行为预测，通过长时间的计算过程探索分子的构象变化，从而揭示分子间的稳定结合状态。然而，MD模拟在实际应用中存在一定的...
分子可不是乖乖待着的。分子动力学模拟(molecular dynamics,MD)软件是一款科学计算软件,说白了,就是模拟分子怎么“动”和如何“变”。这种应用软件,底座很重要,也就是,用什么基础软件来实现很重要。现在无论分子动力学,还是蛋白质折叠,人工智能方法都很重要。也就
本文将着重于分子模拟中的分子动力学方法(Molecular Dynamics,下简称MD),通过一些简单的MD程序实例,来让大家产生一个直观的认识。本文将尽量不出现具体的数学或代码,而更多的以图文的形式来描述这一方法。 送TA礼物 1楼2017-12-24 15:17回复 三硫化四磷 药物化学 11 一、什么是分子动力学?首先请不要把分子...
1分子建模与模拟导论王延颋2012年12月12日10.分子动力学(MolecularDynamics,MD)算法分子动力学算法通过计算每个质点上所受的合力并求解多体牛顿方程来模拟多体体系的运动过程。通过第一性计算得到质点间作用力的方法目前只可以模拟到皮秒量级。实际应用中主要还是把粒子看作经典粒子,从而模拟时间可以达到纳秒至微秒量级。
Keywords:molecular dynamics simulation; metallurgical slag; numerical integration; ensemble; Thermodynamic properties 分子动力学(Molecular Dynamics,简称MD)模拟就是在给定的原子间相互作用势的情况下,结合牛顿力学的基本原理,通过对原子核和电子所构成的多体系统求解牛顿运动方程得到体系中原子核的运动过程,进而计算出...