在前三期内容中,我们提到药物设计的对象是有机小分子和生物大分子。这些分子都是由遵循量 子力学原理的原子和电子等微观粒子构成的。考虑到量子力学通常从电子层面解决问题,且能处 理的体系较小,人们将宏观体系的牛顿力学引入微观体系,发展出以原子为最小粒子的分子力学 和分子动力学,更好地处理药物设计过程中较大...
分子力学(MM)力场是一种快速的经验模型,通过将生物分子系统视为一组原子质量点来描述其势能面。这些质量点通过非键相互作用和价键相互作用(键、角和扭转),这些相互作用通常被参数化以再现量子化学构象能量学和物理特性。尽管其对基础物理模型的表示进行了简化,MM力场已被证明在生物分子模拟和计算辅助药物设计中是不可...
分子动力学模拟是一种以分子的经典力学（分子力场）模型，通过数值求解分子体系的运动方程，研究分子体系的结构与性质的计算机模拟方法。分子动力学模拟的本质就是通过宏观性质来研究微观粒子的一种方法，这种方法使用牛顿运动定律来追踪分子体系中每个原子随时间的运动。分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法...
分子动力学可以用于NPT，NVE，NVT等系综的计算，是一种基于牛顿力学确定论的热力学计算方法，与蒙特卡洛法相比在宏观性质计算上具有更高的准确度和有效性，可以广泛应用于物理，化学，生物，材料，医学等各个领域。发展方向 自1966年开始，分子动力学为了适应不同领域的发展和应用，科研工作者们系统地建立了分别适用于...
分子模拟主要包括分子力学 (Molecular Mechanics, MM)、蒙特卡洛 (Monte Carlo, MC)模拟、分子动力学 (Molecular Dynamics, MD)模拟、量子化学计算、第一性原理分子动力学 (Ab Initio Molecular Dynamics, AIMD)、粗粒化模型 (Coarse-Grained Models)以及自由能计算等方法 (图 1)，其中应用较为广泛的是分子动力学...
随着量子力学、分子力学、分子动力学这些理论计算方法的发展,我们已经能够依据分子图形学原理,通过在计算机上计算分子的物理、化学性质模拟药物和靶标的静态结构与动态行为,对药物实验进行预测和解释。这种可视化的分子模拟技术在近些年来发展迅速,已经成...
分子力学法又称 Force Field 方法,是在分子水平上解决问题的非量子力学技术。分子力学 起源于1970年左右,是依据经典力学( classical mechanics)的计算方法,主要根据分子的力场计算分子的各种特性。其原理是,分子内部应力在一定程度上反映被计算分子结构的相对位能大小。具体来说:分子力学法是依据 Born-Oppenheimer 原理,...
分子力学molecular mechanics.pdf,分子力学 Molecular Mechanics 微观尺度材料设计⎯⎯ 分子力学 分子力学,又叫力场方法(force field method),目前广泛地用于计算分子的构象和 能量。 分子力学从本质上说上是能量最小值方法,即 在原子间相互作用势的作用下, 通过改