事实上,当一个水分子与另一个水分子相互靠近时,将发生极化效应,引起水分子中电荷的重新分布。在分子力场中计入极化效应的分子力场,被称为可极化分子力场。同时,还可以根据极化过程中产生诱导电荷、偶极矩、多极矩等不同的极化效应,把可极化分子力场分为多种类型。可极化分子力场较不可极化分子力场复杂,计算量也大大...
它可以通过经验力场和基于量子化学计算的理论力场两种方式来建立。本文将详细讲解分子力场的原理、构建方式以及在分子模拟和化学计算中的应用。 一、原理与目标 分子力场的目标是通过描述原子之间的键长、键角以及相互作用力的形式,来预测分子的结构、稳定性和相对能量变化。它的基本原理是将分子势能视为原子之间相互作用...
1. 水分子力场的研究历史 早在1800年，英国化学家Nicholson通过电解水发现，水由氢和氧两种元素组成。1805年, Gay-Lussac和von Humboldt证明水由两份氢元素原子和一份氧元素原子组成，可以表示成H₂O的形式。在Loschmidt和von Hofmann的水分子结构图和球棍模型中，一个水分子被描述成由一个氧原子和两个氢原子...
分子力场由分子内和分子间相互作用两大部分组成,势能面可以由如下公式表示: (1-17) 公式等号右边分别为分子体系中原子之间的键长、键角、二面角、非正常二面角、范德华和电荷相互作用,下面分别加以叙述。 1.键伸缩项(Bond Stretching Potentials) 分子中相互成键的原子之间形成的化学键,如乙烷分子的C-H键,C-C键...
分子力场是描述各种形式的相互作用力对分子势能影响的势能函数,包括键合能和非键合能相互作用。键合能包括:键长的伸缩能、键角的弯曲能、二面角扭转能;非键能包括分子间作用能(范德华力能)、 静电相互作用能、氢键能。 分子力场的性能取决于势能函数和结构参数,结构参数则来源于大量的热力学和光谱学实验,或者来源于量...
以下是五种常用的力场:🌈AMBER力场:适用于蛋白质、核酸和几种金属离子,但缺乏有机分子和脂类的参数,限制了其在药物设计等领域的应用。为了解决这个问题,同一个团队开发了GAFF力场。🌈GAFF力场:可以与AMBER力场混用,用于描述由C、H、O、N、P、S、卤素原子构成的各种有机小分子。因此,对于研究蛋白质-药物分子...
比较分子力场分析法（comparative molecular field analysis）是2014年公布的药学名词。定义 一种三维定量构效关系方法，这种方法认为药物分子与受体的相互作用是靠可逆的、非共价结合的弱作用力，如静电引力、氢键、疏水作用和范德瓦耳斯力等。系列化合物在与同一受体结合时，与受体的上述作用力场具有相似性。在受体三维...
下面是一些常见的分子动力学力场文件: 1. AMBER力场:AMBER(Assisted Model Building with Energy Refinement)力场是广泛应用的力场之一。它提供了多个版本,如AMBER94、AMBER99和AMBER ff03等。AMBER力场主要用于蛋白质和核酸的模拟研究。 2. CHARMM力场:CHARMM(Chemistry at Harvard Molecular Mechanics)力场是另一个常用...
所谓的分子力场,就是用一些计算量较小的函数,来拟合并替代一部分传统第一性原理计算的结果。这个结果,包含了势能和作用力,再用朗之万动力学进行演化,这才使得我们可以在计算机上模拟一个分子动力学的过程。否则在第一性原理计算的框架下,要想获得动力学统计的信息,是非常困难的。 分子力场,常见的有成键相互作用、...