从狭义上来说,转录组是指转录出来的所有mRNA的集合;从广义上来说,转录组是指细胞内所有转录产物的集合(包括mRNA和非编码RNA)。 ▌▋miRNA, circRNA以及lncRNA作为一类具有调控功能的非编码RNA被广泛研究,并且调控对象均与mRNA有关。本文将概述非编码RNA分子相关研究进展,ceRNA假说以及相关的全转录组联合分析建库和...
#加载bambu软件包library(bambu)#运行以下命令进行测序数据,参考基因组,参考基因组注释文件的导入,并进行全长转录组分析test.bam<-system.file("extdata","SGNex_A549_directRNA_replicate5_run1_chr9_1_1000000.bam",package="bambu")#读入测序数据fa.file<-system.file("extdata","Homo_sapiens.GRCh38.dna_s...
全转录组(Whole transcriptome),是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和,基于二代测序平台,采用去核糖体链特异性和小片段富集筛选的建库方法,实现编码RNA和非编码RNA(miRNA, lncRNA, circRNA)的建库、测序、生物信息学分析及联合分析、ceRNA调控网络等,研究基因表达变化的同时分析非编码RNA对其调控...
全转录组关联研究(TWAS)可以帮助鉴定易感性相关基因的表达特征,有可能揭示对疾病病因的见解,并识别新的药物靶点。但该方法在很大程度上忽略了与易感性有关的重复元件表达,例如人类内源性逆转录病毒(HERV)。 HERV约占人类基因组的8%,是由遗传物质组成的“非编码”序列,这些遗传物质起源于生殖细胞在进化过程中的古逆...
全转录组分析思路 01 单一RNA的标准分析,lncRNA,circRNA,mRNA和miRNA鉴定和注释,差异表达和序列特征分析,对于mRNA直接进行差异基因功能注释和富集分析,对于差异非编码RNA则对其预测的靶基因或来源基因(circRNA来源基因)进行功能注释和富集分析;(2)每种RNA单独分析后,把所有RNA整合在一起进行ceRNA整合分析,可以两两间,三...
做过全转录组的童鞋们都知道全转录组是1个样本构建2种文库,得到4种RNA(mRNA、lncRNA cicrRNA 、smallRNA)。然而拿到数据时候,我们是不是有种很懵的感觉,不禁感叹数据量如此大,该怎么形成一个完整的调控网络?那不妨看看全转录组联合分析,小编带你感受全转录组联合分析的美!来,一张导图带你快速一览全局。
全转录组,指的是特定细胞在某一状态下所有转录产物的集合,包括了mRNA和非编码RNA,随着近些年对于非编码RNA研究的不断深入,发现多种非编码RNA可作为竞争性内源RNA参与基因的表达调控,ceRNAs可以通过与mRNA竞争结合miRNA来调节基因转录本的翻译。全转录组分析便是针对一份样品同时分析mRNA,lncRNA,circRNA和miRNA之间的联合...
基于全转录组和蛋白质组分析结果以及对目标转录本的预测,建立了一个可指示关键mRNA-miRNA-lncRNA/circRNA相互作用的ceRNA网络,并阐明了ceRNA网络中这些转录本之间的调控相互作用,为预测HCC患者的预后以及新的治疗靶点提供了潜在的生物标志物。 实验设计流程图
如果对人类全长转录本进行分析,建议最好使用Heng Li推荐的人类参考基因组GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set,详细参见Heng Li的博客。 如果下机数据来自 Oxford Nanopre(ONT)平台,建议对原始数据使用Pychopper后(目的是鉴定全长转录组本),再运行FLAIR。
PrediXcan , SPrediXcan,MetaXcan是近些年基于GWAS后续分析开发出来的工具。 主要功能是在组织和表达的层面预测影响表型的基因,弥补了GWAS只能在基因组层面解释表型的不足。 下面是这几个工具的工作流程: 今天给大家介绍一下如何使用SPrediXcan和MetaXcan工具进行全转录组分析(Transcriptome-Wide Analysis) ...