先下载安装conda，因为它是.sh文件，直接bash即可，然后 conda create -n wes python=2 bwaconda info --envssource activate wes#激活wes环境 12 所有需要的软件安装在wes环境下 conda install sra-toolsconda install samtoolsconda install bcftoolsconda install vepconda install snpEFFconda install multiqcconda ...
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如果想看大样本的数据处理分析流程请移步总目录:三阴性乳腺癌全外显子分析(wes)(大样本727个) 分析流程目录如下: 1 wes相关软件下载与安装并添加环境变量2 下载GATK需要的参考基因组文件3 wes测序质量的控制3_0_4 要理解并会用的几个脚本4 测序数据批量比对到参考基因组输
简单的走一下fastqc+multiqc 看看数据质量,一般都会很不错的,这个数据也不例外。 代码语言:javascript 复制 ls*.gz|xargs~/biosoft/fastqc/FastQC/fastqc-o./-t5 但是值得注意的是本文章中的测序reads的编码格式是phred+64 而不是传统的33 然后走WES的标准SNP-calling流程 选用的是经典的GATK best practice的流程...
全外显子测序数据处理流程(二)上游分析从Fastq到BAM 111
一种高通量全外显子与全基因组重测序数据分析流程软件是由深圳市大道测序生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR0954354,属于分类,想要查询更多关于一种高通量全外显子与全基因组重测序数据分析流程软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
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简单的走一下fastqc+multiqc 看看数据质量,一般都会很不错的,这个数据也不例外。 ls*.gz |xargs ~/biosoft/fastqc/FastQC/fastqc-o./-t5 但是值得注意的是本文章中的测序reads的编码格式是phred+64而不是传统的33 然后走WES的标准SNP-calling流程 选用的是经典的GATK best practice的流程,代码如下: ...
一种基于全外显子测序数据自动化分析流程的软件是由天津见康华美医学诊断技术有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR0521832,属于分类,想要查询更多关于一种基于全外显子测序数据自动化分析流程的软件著作的著作权信息就到天眼查官网!