次级代谢与初级代谢关系密切,初级代谢的关键性中间产物往往是次级代谢的前体 次级代谢不象初级代谢那样有明确的生理功能,因为次级代谢途径即使被阻断,也不会影响菌体生长繁殖。次级代谢产物通常都是限定在某些特定微生物中生成,因此它们没有一般性的生理功能,也不是生物体生长繁殖的必需物质,虽然对它们本身可能是重要的。