人体代谢组数据库(HMDB)是一个免费的电子数据库,包含关于人体小分子代谢产物的详细信息,其应用领域包括代谢组学、临床化学、生物标志物的发现。该数据库包含114,026个代谢物记录,包括水溶性和脂溶性代谢物,以及被认为是丰富(> 1 uM)或相对稀少(< 1 nM)的代谢物。此外,还有5702个蛋白质序列与这些代谢产物相关。
人类代谢组数据库(HMDB)于2007年首次发布,被认为是人类代谢研究的标准代谢组学资源,包含有关人类代谢物及其生物学作用、生理浓度、疾病相关性、化学反应、代谢途径和参考光谱的综合信息。目前HMDB已更新至HMDB 4.0。 HMDB包含114222个代谢物条目,包括水溶性和脂溶性代谢物以及被视为丰富(>1μm)或相对罕见(<1nm)的...
The Golm Metabolome Database (GMD) 数据库是由德国Max Planck的科学家建立的植物代谢组学数据库,侧重于非靶向代谢组学,该数据库的最大特点是含有大量的植物代谢产物的GC-MS 图谱(特别是衍生化后的),用户可以导入自己GC-MS 数据进行搜索比对和鉴定。另外,该数据库还含有...
与KEGG数据库相同，MetaCyc也是一款通路数据库，只包含非冗余且通过实验手段阐明过的代谢通路！MetaCyc 包含参与初级和次级代谢的途径，以及相关的代谢物、反应、酶和基因，在植物代谢组学中使用较为普遍。MetaCyc 目前包含 2937 条途径、17,780 种反应和 18,124 种代谢物，且在实时更新中。MetaCyc Lipidblast数据库...
常用的代谢组相关数据库包括人类代谢组数据库(HMDB)、KEGG数据库、Reactome数据库等,介绍如下: 人类代谢组数据库(HMDB)是代谢组学中比较流行的数据库之一,包括人类小分子的详细信息体内发现的分子代谢物,不少于79,650个代谢物条目。 SMPDB 数据库与 HMDB 链接,包含大约 700 条人类代谢和疾病途径的途径图。 KEGG数据...
The Golm Metabolome Database (GMD)是由德国Max Planck研究所的科学家建立的植物代谢组学数据库,包含1450种已被鉴定的代谢物和10336个相关质谱图。该库资源侧重于气质非靶向代谢组学,其最大特点是含有大量的植物代谢物的GC-MS图谱(特别是衍生化后的)。用户可以导入自己的GC-MS数据进行搜索比对和鉴定。另外,该库...
代谢组学的飞速发展,尤其是分析技术的进步、样本数量的增加、样本类型的多样化以及多检测平台的联合应用,使代谢组数据在数量和复杂性上急剧增加。代谢组学数据库的开发对于归纳总结这些大数据、提高数据的使用率、进行深层次的交叉分析以及揭示隐藏在大数据背后的生物学机理都有重要的作用。
经过近半年的研发、测试与验证,派森诺全新一代代谢组学数据库——PerSonalbio Next-Generation Metabolomics Database(简称PSNGM)现已正式上线启用。该代谢数据库采用创新型模式构建,不仅来源丰富、容量巨大,更重要的是包含了医学、动物、植物、微生物、肠道菌群及中药6大分类库,95%以上代谢物可实现RT假阳性过滤,该库的...
Human Metabolome Database (HMDB) 数据库是由加拿大代谢组学创新中心[The Metabolomics Innovation Centre (TMIC)] 于2007年创立的代谢组学综合数据库,被认为是人类代谢研究的标准代谢组学资源,包含有关人体小分子代谢产物的详细信息,应用领域包括代谢组学、临床医学、生物标志物的发现等。
茶叶代谢组数据库是一个专门收集、整理和分析茶叶中各种代谢物信息的数据库。该数据库涵盖了茶叶中存在的多种化合物,例如多酚类、氨基酸、糖类和有机酸等。茶叶代谢组数据库的主要功能包括提供详细的化学成分数据、支持代谢路径分析、帮助研究人员理解茶叶的生物活性和健康效应。在茶叶研究中,代谢组数据库是一种非常重要...