研究量化了每种代谢物的变化,观察到患者间代谢组异质性大于肿瘤内异质性IMH(图2A); 研究猜测ccRCC 肿瘤的 IMH 升高可能定义一类独特的基因组、转录组或微环境特征。 对每位患者的 IMH 评分进行了线性回归分析,并比较他们的临床、代谢组学、转录组学和基因组学概况。 基因组:根据临床分期或分级,IMH 没有显著差异。
KEGG 将基因组信息和高层次的代谢物的功能信息有机地结合起来,为基因组测序和其他高通量代谢实验技术产生的大数据代谢物信息提供系统化的分析。将转录组分析后得到差异基因和代谢组分析后得到的差异代谢物进行KEGG通路注释,两个组学数据相互验证,...
联合分析思路 01 基于通路层面的联合分析:通过整合KEGG代谢通路,将蛋白质组和代谢组数据结合起来,筛选在同一生物过程内发生显著变化的蛋白质和代谢物,从而迅速定位关键的分子。同时,可借助富集分析和KEGG通路的标色技术,实现数据关联的可视化呈现,便于结果的理解和展示。 02 基于表达层面的联合分析:通过对差异表达的蛋白...
目前,转录组和代谢组的联合分析主要分为两大部分,一是寻找共同的KEGG通路和富集功能;二是进行相关性的关联分析。将差异基因和差异代谢物在KEGG上共同富集的基因和代谢物进行联合分析,并计算差异基因和差异代谢物的相关性,构建相关性网络,可以找出引起代谢物发生变化的关键作用基因,确定关键的调控通路。 (来源于百迈客...
挥发性代谢组是一种高维数据,传统的两两比较忽视了代谢物之间的相互作用,而本文作者倪茜瞵博士通过主成分分析(PCA)结合混合模型(mixed model)(迈维代谢提供);将物质间的互作考虑其中,创新性的寻找了食品中的标志代谢物。 综述部分,采用...
进阶思路:5-10分文章的研究思路 相比于小于5分的文章,着一梯度的文章要有升级和进阶的看点:表现为样本量更大+特殊的疾病+复杂样本(比如外泌体的代谢物、肿瘤小鼠模型的代谢物等)。第二大方向是代谢组学与其它基础实验或组学技术联合分析,再涉及到多组学分析的环节,把课题联合分析做完善是关键。
具有很高的相关性(R2 > 0.5 in EL; R2 > 0.77 in GL);通过韦恩图分析,对基因的表达模式进行了初步的划分;对DEGs和DTGs进行KEGG富集分析,发现在两个水平上很少通路重叠,故而在翻译水平进一步进行GSEA-KEGG分析,发现类黄酮生物合成、光合作用、卟啉和叶绿素代谢在EL组中发生下调;氮代谢、硫代谢和MAPK信号EL组中...
差异分析: 在不同实验条件下(如对照与处理组),分别进行差异基因表达和差异代谢物分析(如使用DESeq2或edgeR进行转录组差异分析,使用MetaboAnalyst进行代谢组差异分析)。 筛选显著差异表达的基因和代谢物,并比较它们在不同条件下的变化趋势。 通路富集分析: 对显著差异表达的基因进行KEGG、Reactome等通路数据库的富集分析...
2、甜樱桃的代谢组学分析揭示了发育阶段的代谢物动态变化 为了更好的了解甜樱桃发育过程中的代谢物变化,在四个发育阶段应用了基于LC-MS/MS的广泛靶向代谢组学。如图2A所示,各代谢物在不同阶段表现出明显的差异,重复之间具有较高的可重复性。图2B显示4个发育阶段差异表达代谢产物(DEMs)的热图分析,结果表明许多代谢...