原版XP-CLR 已经多年没更新。Big Data Institute, University of Oxford 的 Nick Hardin 使用Python重写了 XP-CLR的计算工具,并且改正了当中存在的小 bug。仓库地址为 https://github.com/hardingnj/xpclr。可以克隆 GitHub 参考后使用python setup.py install安装,也可以直接在 bioconda 用conda install xpclr -c...
XPCLR -xpclr Chr1.pop1.geno Chr1.pop2.geno Chr01.snp Chr01.out -w1 0.005 200 2000 Chr01 -p0 0.95 ## 替换染色体名称 sed 's/^0/Chr01/' Chr01.out.xpclr.txt 得到的结果文件中,每一列分别代表 chr# grid# #ofSNPs_in_window physical_pos genetic_pos XPCLR_score max_s,XPCLR_score...
XPCLR使用XP-CLR检测基因组中的选择信号 视频课程推荐:https://study.omicsclass.com/index分析文件准备方法介绍:如果不会编程,上述xpclr的输入文件还是不好准备的,这里教大家利用plink准换生成.geno 文件;由于xpclr一次只能运行一条染色体,所以这里举例第一条染色体运行:## 生成pop1亚群 geno文件#样品名字变成两列方...
condainstallxpclr -cbioconda 两种安装方式,推荐使用 bioconda 安装,不容易出错。 使用# 这个工具支持 hdf5,vcf 和 原版 XP-CLR 格式的文件。 使用也很简单,这里以原版 XP-CLR 文件(mapfile、popAfile、popBfile三个文件)为例,以 50kb unoverlapping window 去对 phased 数据进行计算: xpclr--formattxt--mapm...
使用xpclr分析出现TypeError: ufunc 'true_divide' not supported for the input types'我按照组学大讲堂...
conda install xpclr-c bioconda 两种安装方式,推荐使用 bioconda 安装,不容易出错。 使用 这个工具支持 hdf5,vcf 和 原版 XP-CLR 格式的文件。 使用也很简单,这里以原版 XP-CLR 文件(mapfile、popAfile、popBfile三个文件)为例,以 50kb unoverlapping window 去对 phased 数据进行计算: ...
原版XP-CLR 已经多年没更新。Big Data Institute, University of Oxford 的 Nick Hardin 使用 Python 重写了 XP-CLR的计算工具,并且改正了当中存在的小 bug。仓库地址为https://github.com/hardingnj/xpclr。可以克隆 GitHub 参考后使用python setup.py install安装,也可以直接在 bioconda 用conda install xpclr ...
XP-CLR 是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化,导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。XP-CLR 利用了两个群体之间的多基因座等位基因频率差异(multilocus allele frequency differentiation)建立模型,使用布朗运动来模拟中性下的遗传漂移,并使用确定性模型来近似地对...
原版XP-CLR 已经多年没更新。Big Data Institute, University of Oxford 的 Nick Hardin 使用 Python 重写了 XP-CLR的计算工具,并且改正了当中存在的小 bug。仓库地址为https://github.com/hardingnj/xpclr。 可以克隆 GitHub 参考后使用python setup.py install安装,也可以直接在 bioconda 用conda install xpclr...