原版XP-CLR 已经多年没更新。Big Data Institute, University of Oxford 的 Nick Hardin 使用 Python 重写了 XP-CLR的计算工具,并且改正了当中存在的小 bug。仓库地址为https://github.com/hardingnj/xpclr。可以克隆GitHub 参考后使用python setup.py install安装,也可以直接在 bioconda 用conda install xpclr -c...
condainstallxpclr -cbioconda 两种安装方式,推荐使用 bioconda 安装,不容易出错。 使用# 这个工具支持 hdf5,vcf 和 原版 XP-CLR 格式的文件。 使用也很简单,这里以原版 XP-CLR 文件(mapfile、popAfile、popBfile三个文件)为例,以 50kb unoverlapping window 去对 phased 数据进行计算: xpclr--formattxt--mapm...
## 运行xpclr分析XPCLR-xpclrChr1.pop1.genoChr1.pop2.genoChr01.snpChr01.out-w10.0052002000Chr01-p00.95## 替换染色体名称 sed 's/^0/Chr01/'Chr01.out.xpclr.txt 得到的结果文件中,每一列分别代表 chr# grid# #ofSNPs_in_window physical_pos genetic_pos XPCLR_score max_s,XPCLR_score 是算...
XPCLR使用XP-CLR检测基因组中的选择信号 视频课程推荐:https://study.omicsclass.com/index分析文件准备方法介绍:如果不会编程,上述xpclr的输入文件还是不好准备的,这里教大家利用plink准换生成.geno 文件;由于xpclr一次只能运行一条染色体,所以这里举例第一条染色体运行:## 生成pop1亚群 geno文件#样品名字变成两列方...
/home/user01/miniconda3/envs/pfam_scan/lib/python3.7/site-packages/allel/io/vcf_read.py:1622...
原版XP-CLR 已经多年没更新。Big Data Institute, University of Oxford 的 Nick Hardin 使用 Python 重写了 XP-CLR的计算工具,并且改正了当中存在的小 bug。仓库地址为https://github.com/hardingnj/xpclr。可以克隆 GitHub 参考后使用python setup.py install安装,也可以直接在 bioconda 用conda install xpclr ...
参数解释:-xpclr:后面接是两个群体的 .geno 文件(genofile1 和 genofile2)、 .snp 文件(mapfile)、输出文件(outputFile)-w1:后面接的参数依次为:snpWin 是 Morgan 为单位的window size (一般可以设为 0.005);gridSize 代表一个 window 中最大的 SNP 数量;gridSize 是 bp 为单位的两个 grid points 的...
cd xpclr python setup.py install 也可以使用 bioconda 安装: conda install xpclr -c bioconda 两种安装方式,推荐使用 bioconda 安装,不容易出错。 使用 这个工具支持 hdf5,vcf 和 原版 XP-CLR 格式的文件。 使用也很简单,这里以原版 XP-CLR 文件(mapfile、popAfile、popBfile三个文件)为例,以 50kb unoverl...
cd xpclr python setup.py install 也可以使用 bioconda 安装: 代码语言:javascript 复制 conda install xpclr-c bioconda 两种安装方式,推荐使用 bioconda 安装,不容易出错。 使用 这个工具支持 hdf5,vcf 和 原版 XP-CLR 格式的文件。 使用也很简单,这里以原版 XP-CLR 文件(mapfile、popAfile、popBfile三个文件...
原版XP-CLR 已经多年没更新。Big Data Institute, University of Oxford 的 Nick Hardin 使用 Python 重写了 XP-CLR的计算工具,并且改正了当中存在的小 bug。仓库地址为https://github.com/hardingnj/xpclr。 可以克隆 GitHub 参考后使用python setup.py install安装,也可以直接在 bioconda 用conda install xpclr...