软件缺陷是指数据库系统的软件存在缺陷或漏洞,这可能导致Xena数据库不能写。软件缺陷问题可以分为以下几个方面: 数据库系统缺陷:数据库系统本身可能存在一些缺陷或漏洞,这些缺陷可能导致写操作失败。例如,某些版本的数据库系统可能存在性能瓶颈或数据一致性问题,从而影响写操作的执行。 驱动程序缺陷:数据库驱动程序是应用程序与数据库系统之间的桥梁
首先,点击“Launch Xena”启动网站,可以直接跳转进入可视化页面。第一步操作是选择数据集,在“Study”一栏中输入感兴趣的数据集,然后选择,再点击页面下方的“TO FIRST VARIABLE”就可以到下一步选择变量了。这里我选择的是TCGA的肝癌数据。 变量可以勾选“Genomic”(基因)或“Phenotypic”(表型),本文先勾选的Phenotypic。
这种下载方法比较简单,下载后的文件是一个tsv文件,可以用excel打开,比较方便查看。 除此之外,Xena还提供包含全部基因的高通量测序数据。 首先,点开左上角的"Data Sets",Xena会提供一系列的数据集,挑选一个感兴趣的数据集点开。 点进去之后有很多种数据,挑选感兴趣的一个数据下载,这里选择的是比较常用的gene expre...
UCSC Xena是一个对TCGA数据进行二次开发的衍生网站,支持数据分析功能以及可视化,还收集了GTEx、ICGC、TARGET等多个数据库的公共数据,数据的下载和处理简单易上手。 小云今天就借这篇37+的高分文章和大家一起来学习一下吧!这项研究探讨了单个蛋白BNIP3的肿瘤预后分子机制。基于UCSC Xena下载的数据,利用R语言分析,对33...
数据库配置错误也是导致Xena数据库不能写的原因之一。配置错误可能包括: 1.配置文件错误:数据库配置文件中参数设置错误,导致写操作失败。 2.网络配置错误:数据库服务器与客户端之间的网络配置错误,导致写操作无法正常进行。 3.存储引擎配置错误:数据库使用的存储引擎不支持写操作或配置不当。
UCSC Xena数据库提供TCGA数据，包含GDC Hub（GDC TCGA COAD）与TCGA hub（TCGA COAD）两个来源。它们之间的主要区别在于数据更新时间和可下载数据种类。更新时间方面，GDC Hub的版本为2019年7月19日，与TCGA官方数据更新至2019年7月8日的v18.0版本相匹配。而TCGA hub的版本为2017年10月13日，对应TCGA...
目录 收起 1.数据更新时间不同。 2.数据下载选项不同。 UCSC Xena数据库中下载TCGA数据,其中包括了两个数据来源:GDC Hub(GDC TCGA COAD)与TCGA hub(TCGA COAD)。这两个来源的数据有何区别呢?下面以结肠癌COAD数据集为例: 1.数据更新时间不同。 GDC Hub与TCGA hub中数据更新时间不同,并且目前两种数据...
登陆到界面时候,我们点击Launch Xena即可登陆到UCSC XENA的分析界面。 2 分析工具基本操作 关于XENA的基本使用,在到了分析界面之后。我们需要做的只有两步:(i)选择想要分析的数据集;(ii)选择想要分析的变量。 2.1 数据集选择 在UCSC XENA里面储存了多个关于大型的公共数据集,包括TCGA、GETx以及target等等……关于具体...
首先打开地址，然后输入基因，点击生成图片。Kaplan-Meier数据库的来源包括GEO，EGA和TCGA。该工具的主要目的是基于荟萃分析的生存生物标记物的发现和验证。
UCSC Xena是一个对TCGA数据进行二次开发的衍生网站,支持数据分析功能以及可视化,还收集了GTEx、ICGC、TARGET等多个数据库的公共数据,数据的下载和处理简单易上手。小伙伴可以点击http://xena.ucsc.edu/去看看哟! 小塔今天就借这篇37+的高分文章和大家一起来学习一下吧!这项研究探讨了单个蛋白BNIP3的肿瘤预后分子机...