xCell的工作原理是用机器学习算法提取了64种免疫细胞和基质细胞的signature,待检测bulkRNA数据先用ssGSEA算法计算样本在每个细胞类型signature的富集分数,然后用特别设计的算法将样本中各种细胞类型的富集分数转换为细胞类型分数,最后对紧密相关的细胞类型分数进行补偿校正。 xCell支持的64种细胞类型 xCell使用须知 使用xCell...
xCell 作者整合了 FANTOM、ENCODE、Blueprint、GEO 数据库共 1822 个纯人类细胞型转录组,既包括 RNA-seq 也有 Array-based 数据,使用单样本 GSEA(ssGSEA)分析方法对每个样本进行评分,获得每个样本最可靠的特征集(gene signature),共生成了 489 个特征。然后建模评估样本表达谱与特征之间的关联。该工具件通过基于组织...
library(xCell) xCell免疫浸润分析 导入基因表达矩阵,并通过xCellAnalysis分析表达矩阵,该函数用于预测细胞组分在给定样本中的相对丰度: exprSet=read.csv("GSE57065_ExprMatrix.csv",header=T,row.names=1) xCell <- xCellAnalysis(exprSet) ###array data write.csv(xCell,"xCell_score.csv") #将计算后的结果...
2.xCell原理时使用基因表达量排序的ssGSEA算法,因此不需要基因的真实表达量,但是需要经过基因长度归一化,意思就是说最好选用TPM; 3.xCell对具有异质性的数据集表现更好,所以建议一次性将所有样本一起分析,而不是分层或者分组拆分数据集(xCell会给每个样本计算免疫细胞的评分)。 二、原理介绍 1.xCell考虑了10800个基...
在使用xCell时，首先需了解其原理和关键步骤。xCell包考虑了10800个基因，通过使用xCell.data$genes命令可获取基因列表。它使用了489个特征基因集来进行针对64种细胞的富集分析，从而计算出每种细胞的富集分数。xCell的这一分数是基于多个特征基因集的平均值，且在所有样本间进行简单标准化，确保了异质性数据...
对于显著细胞类型，保存最终结果：rlibrary(vioplot)...完成分析至此，你已经成功完成了xCell分析细胞到可视化的全过程。你可以通过小提琴图来直观地了解不同细胞子群在样本中的分布情况。现在，你可以展示并分享你的分析结果了。如果你想了解更多学习资源，欢迎访问我的专属云生信平台。这里有很多生物信息学...
上海然哲仪器设备有限公司供应XCell-美国KUBTEC-X射线生物辐照仪 肿瘤免疫分析供应产品,本系统又称为小动物辐照仪,细胞辐照仪,食品辐照仪或X射线辐照仪,是一款全屏蔽,独立安全的橱柜式X射线辐照系统,不需要昂贵的申请许可证费,安全费或者射线源维护费,总成本比放射性
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相比竞争对手,XCell Therapeutics的上修每股收益的分析师人数,最近30天基准如何? 我们发现下列公司与XCell Therapeutics Inc相近,它们都属于相关的行业。我们还考虑了规模、增长和各种财务指标,并将列表缩小到以下范围。 XCell Therapeutics的上修每股收益的分析师人数,最近30天基准 名称代码上修每股收益的分析师人数,最近...
cell.types.use=intersect(colnames(xCell.data$spill$K),rownames(sdy$fcs)) 最后一步是补偿溢出效果的分数: scores=spillOver(transformed.scores,xCell.data$spill.array$K) 请注意,我们在这里使用xCell.data$spill.array数据,因为表达式数据是用微阵列生成的。上面详细介绍的管道也可以使用xCell分析包装器功能同样...