下面是一个更贴合实际工作场景的例子,做生信的小伙伴应该清楚,我们想要实现对BAM文件(注释:一种二进制文件,建立了index了之后,可以实现根据基因组坐标信息实现随机读取,给BAM文件建index需要借助命令samtools index)的随机读取(random access),就需要先给BAM文件创建索引(index)。然而,samtools i
1回答 查找index.html文件&用文件夹名重命名并将文件向上移动 、、 使用find命令解决使用shell脚本的工作流几乎没有帮助。我们可以通过find命令来使用这个命令。./ -type f -name ' index.html‘,用文件夹名重命名文件index.html。重命名了这些文件之后,我想将这些文件移高一级。我被困在重命名< 浏览3提问于202...
index str1 str2：str2中字符在str1中的位置，找不到返回1 substr str start_char length：字符串str中以start_char开头，长度为length的子串 退出码：0：表达式返回非0或非空值 1：表达式返回0或空值 2：参数无效 大于2：错误 子串第一个字符的位置 expr "$string" : ".*myy" - length "myy" + 1 ...
首先，xargs命令的基本应用是解决那些不能直接接收标准输入的命令，如samtools index。通过-n选项，可以控制每次传递给命令的参数数量，例如，通过指定-n1，xargs会一次性传递所有参数。但配合-P选项，如-P6，可以设置并发进程数，显著减少处理时间。另外，xargs的-I和-d选项允许更灵活的参数格式，如-I可以...
单行变多行。 3. 防止溢出, 一次从标准输入只读取一部分值, 但是我这里不存在溢出的问题. 根据...
git-show-index(1) git-show-ref(1) git-show(1) git-stage(1) git-stash(1) git-status(1) git-stripspace(1) git-submodule(1) git-svn(1) git-symbolic-ref(1) git-tag(1) git-tar-tree(1) git-unpack-file(1) git-unpack-objects(1) git-update-index(1) git-update-ref(1) git-up...
我们看看exec和xargs都是如何传参数的。首先看看exec: ls index.skin1 skin1 find -type f-exececho file {} ; file ./skin1 file ./index.skin1 很明显,exec是对每个找到的文件执行一次命令,除非这单个的文件名超过了几k,否则不会出现命令行超长出错的问题。
array[index-expression] index-expression可以使用任意字符串;需要注意的是,如果某数据组元素事先不存在,那么在引用其时,awk会自动创建此元素并初始化为空串;因此,要判断某数据组中是否存在某元素,需要使用indexinarray的方式。 要遍历数组中的每一个元素,需要使用如下的特殊结构:for(varinarray) { statement1, ....
名前 | 形式 | 機能説明 | オプション | オペランド | 使用法 | 使用例 | 環境 | 終了ステータス | 属性 | 関連項目 名前 xargs– 引数リストを構築してコマンドを実行 形式 xargs [-t] [-p] [-e[eofstr]] [-E eofstr] [-I replstr] [-i[replstr]] [-L number] [-l[numbe...
Some examples of usage : Calculating the MD5 hash of a group of files under a folder : CodeSelect dir /b /s /a-d D:\Folder | ppx2.exe -L 1 md5sum.exe "{}" > md5.txt .mpg convertion : CodeSelect dir /b *.mpg | ppx2 -P 4 -L 1 ffmpeg.exe -i "{}" -quality:v 1 ...