或者休眠，或者升级了一半关机后进了Linux？如果是，再进一次Windows，让它彻底升级好关机后，就好了。
与磁盘文件系统有关。你可以看下磁盘里用到什么格式。比如 windows 下常用的 ntfs ，linux 下挂载读取...
linux下没有注册表,程序的配置文件都是这样配置的.
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安装ntfs.3g 自己挂载到你要的路径下面。此类问题应该百度轻松解决，如果是疑难杂症你也得写其他信息。