全基因组数据分析流程(WGS)的运行脚本通过 ilus WGS 来生成,用法如下: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 $ ilusWGS--helpusage:ilusWGS[-h]-CSYSCONF-LFASTQLIST[-PWGS_PROCESSES][-nPROJECT_NAME][-f][-c]-OOUTDIRoptional arguments:-h
5.整个分析流程 (1)先建立文件夹allp cd /home/data/allp vim 1.allp.sh for line in TM-26 TM-27 TM-28 TM-29 TM-30 do 1.比对 ~/Programs/bwa-0.7.17/bwa mem -t 2 -M -R "@RG\tID:{line}\tPL:ILLUMINA" /home/gatk/input/reference/raw/1.fasta /home/gatk/input/cleandata/26-...
本文将总结动物基因组测序基础分析流程的第一部分:WGS基础分析流程。 WGS分析的第一步是质量控制(QC),其中主要任务是去除低质量的测序数据和过滤掉污染物。有几个工具可以用来进行质量控制,例如FastQC和Trimmomatic等。FastQC用于评估测序样本的质量,识别可能导致错误或偏差的问题。Trimmomatic根据FastQC结果进行修剪和过滤,...
这或许和很多人看到的WGS分析流程,在结构梳理上有些差异(比如GATK的最佳实践),但过程中的各个步骤和所要完成的事情是一模一样的。 0.准备阶段 在开始之前,我们需要做一些准备工作,主要是部署好相关的软件和工具。我们在这个WGS数据分析过程中用到的所有软件都是开源的,它们的代码全部都能够在github上找到,具体如下...
WGS数据分析流程分为三步:原始数据质控 -> 数据预处理 -> 变异检测 1.原始数据质控阶段:拿到原始测序数据 -> QC过滤低质量的read数据 2.数据预处理阶段:read比对 -> sort排序 -> 去除重复 -> 局部重比对 -> 碱基质量校正(BQSR) -> 变异检测
由下图可以看到我们sort的bam文件不是按照染色体的123排序而是按照chr10chr11chr1chr2这样的顺序这个对很多其它软件会不友好 【直播】我的基因组 43:简单粗糙的 WGS 数据分析流程前面我们扯到 bam 文件的各种操作,vcf 文件的各种操作,基础 知识不牢固的同学可能已经云里雾里了。这次我们来讲一个简单的。 就是拿到...
43.第41课 WES和WGS实例操作(下) 42.第40课 WES和WGS实例操作(上) 41.第39课 WES和WGS分析流程 40.第38课 Linux与Shell 38.第36课 高通量测序基础理论 37.第35课 cBioportal 35.第33课 COSMIC数据库 34.第32课 Oncomine-2 33.第31课 Oncomine-1 32.第30课 Ensemble(文献导读与实例操...
从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第4节构建WGS主流程 -stand_call_conf50\ -AQualByDepth\ -ARMSMappingQuality\ -AMappingQualityRankSumTest\ -AReadPosRankSumTest\ -AFisherStrand\ -AStrandOddsRatio\ -ACoverage\ -osample_name.HC.1.vcf 注意到了吗？其它参数都没任何改变，就只增加了一个-L...
金域WGS-SV分析流程软件是由广州金域医学检验集团股份有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR1988923,属于分类,想要查询更多关于金域WGS-SV分析流程软件著作的著作权信息就到天眼查官网!