unsigned:不区分正相关和负相关 signed:区分正负相关 第三步:构建邻接矩阵 多大的相关系数算相关?需要设置阈值。 软阈值:soft threshold,用power函数将相关性矩阵转换成邻接矩阵,需要确定power的参数β。 迭代一系列值,看β等于哪个值时:(1)这个网络更接近于无尺度网络 (2)尽可能保留连通性信息。 左右两张图的横...
Signed network 符号网络 每个边都有正或负符号的网络。 Unsigned network 无符号网络 每个边都是没有符号(方向)的网络。 Module characterization 模块特征 这个概念是对模块内基因的一个整体概述,可以是它们所属的GO功能分类,富集的KEGG代谢通路或者IPA功能通路,高度重叠的实验验证过的基因集或者高度重叠的其他发表文献...
1)unsigned: 2)signed: 第一种情况,认为具有高负相关的gene之间,是有联系的。 第二种情况,认为具有高负相关的gene之间,是没有联系的。 举个例子, 假设cor = -1,β=2,unsigned情况下,计算得到的adjacency为1,即gene之间高度关联。signed情况下,计算得到的adjacency为0,即gene之间无关联。 3)TOM矩阵的构建 引...
5(5.1)、构建共表达矩阵(自动构建网络 + 模块识别) ## 有了表达矩阵和估计好的最佳beta值,就可以直接构建共表达矩阵。#blockwiseModules:This function performs automatic network construction and module detection on large expression datasets in a block-wise manner.#参数networkType 有"unsigned"、"signed"等选...
traitColors = numbers2colors(datTraits, signed = FALSE) #用颜色代表关联度 plotDendroAndColors(sampleTree2, traitColors, groupLabels = names(datTraits), main = "Sample dendrogram and trait heatmap") 图片结果解释了临床数据和基因表达量的关联程度,保存数据。
TOMType:计算TOM矩阵时,是否考虑正负相关性;选择"none", "unsigned", "signed", "signed Nowick", "unsigned 2", "signed 2" and "signed Nowick 2" minModuleSize:模块的最少基因数 mergeCutHeight:合并模块的阈值 numericLabels:模块名是否为数字;若设置FALSE,表示映射为颜色名。
显然,我们的结果和之前是一样的,6。😜 代码语言:javascript 复制 sizeGrWindow(9,5)par(mfrow=c(1,2))cex1=0.9plot(sft$fitIndices[,1],-sign(sft$fitIndices[,3])*sft$fitIndices[,2],xlab="Soft Threshold (power)",ylab="Scale Free Topology Model Fit,signed R^2",type="n",main=paste("...
1、WGCNA新手入门笔记2(含代码和数据)上次我们介绍了WGCNA的入门(WGCNA新手入门笔记(含代码和数据),大家在安装WGCNA包的时候,可能会遇到GO.db这个包安装不了的问题。主要问题应该是出在电脑的防火墙,安装时请关闭防火墙。如果还有问题,请先单独安装AnnotationDbi这个包,biocLite("AnnotationDbi")再安装GO.db,并尝试从本...
net <- blockwiseModules(dataExpr, power = 7, maxBlockSize = 5000, TOMType = "unsigned", minModuleSize = 30, reassignThreshold = 0, mergeCutHeight = 0.25, numericLabels = TRUE, pamRespectsDendro = FALSE, saveTOMs = TRUE, saveTOMFileBase = "FPKM-TOM", verbose = 3) moduleLabelsAutomati...