全基因组甲基化测序1 技术简介全基因组重亚硫酸盐测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS)是基于重亚硫酸盐处理的甲基化分析方法,首先通过重亚硫酸盐对样本DNA进行处理,将未甲基化的C碱基转化为U碱基,而甲基化的C碱基不会改变,进行PCR扩增后U碱基会变成T,与原
简化甲基化亚硫酸盐测序(RRBS)和甲基化DNA免疫沉淀测序(MeDIP-seq)是检测DNA甲基化的改进方法,RRBS和MeDIP-seq显著提高了DNA甲基化覆盖率,可以达到全基因组的10%,且能够区分各种癌症类型,但RRBS和MeDIP-seq分别基于酶切和抗体免疫沉淀,获得数据具有位点特异性。Low‐pass WGBS降低测序深度成本(约5M reads)的ctDNA...
ESO26细胞用1 μM Afatinib处理24小时后,通过RNA-seq测序分析FOXM1的相对表达。 FOXM1敲低的ESO26细胞中下调基因与3种EAC细胞系(ESO26、SKGT4、OE33)共有FOXM1 ChIP-seq峰值的49个基因的交集韦恩图。 C-D. GSEA线图(C)和热图(D)显示OE19细胞敲低ERBB2后,49个基因(FOXM1特征)在RNA-seq中的表达变化。
Overview and components of T-WGBS library preparation. For a detailed description, refer to Experimental design in the INTRODUCTION. Roman numerals indicate stages described therein. 这种Tn5mC-seq 方法相对于传统方案,减少了起始材料的使用量超过 100 倍。因此,研究者可以使用 10 ng 的输入 DNA 生成高度复...
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数据分析 数据挖掘 big data 数据 转载 boyboy 2023-09-27 12:35:42 69阅读 数据分析流程图ppt数据分析流程案例 进入公司后发现公司内主要遵循了以下图中的数据分析流程,名为CRISP-DM(cross-industry standard process for data mining。此为业界认可的用于指导数据挖掘工作的方法。在具体实践中,业务理解,数据理解是...
1、Sentieon甲基化分析流程: 使用EpiQC研究中的全基因组甲基化测序数据(doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.14.421529)。 数据预处理:读取修剪、质量控制。 使用四种不同的分析流程进行比对,包括Bismark、BitmapperBS、BSseeker2和BWAMeth。 使用Sentieon BWA替换原始的BWA-mem,并与MethyDackel结合,建立Sentieon BWA...
6 5 全基因组DNA 甲基化图谱 Bisulfite-seq 数据分析所获得的甲基化信息保存于.cout 文件中,包括不同类型的甲基化 C 碱基的相关信息(CG,CHG 和CHH )。甲基化C 位点的确定方法(Lister, R. et al. Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic differences. Nature 462, 315-322 (2009...
发现一个2022年发表的题为"WGBS combined with RNA-seq analysis revealed that Dnmt1 affects the methylation modification and gene expression changes during mouse oocyte vitrification"似乎能给我带来一些分析思路上的启示,一读摘要,其中赫然写着scRNA-Seq(single cell RNA sequencing)和scWGBS(single cell whole ...
技术平台: 微量细胞全基因组重亚硫酸盐测序(scWGBS)、RNA-seq 关于scWGBS 单细胞及微量样本的DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库测序技术。传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中。易基因建立了基于线性扩增和单管建库的技术,可充分降低文库偏好性,准确的完成珍贵样本的...