WebLogo(http://weblogo.threeplusone.com)绘制seqlogo的老牌在线工具。相比于在R上绘制seqlogo图,网页版在线工具更加轻松容易。但同时也存在一定的局限性,就是不适合分析大批量数据。 结合上一篇《R包ggseqlogo绘制seq logo图》推文,我们可以分别体验在网页绘制的轻松感,也可以体验本地运行代码的快感。下面就来看一下...
1.WebLogo 3(http://weblogo.threeplusone.com/) 我们阅读文献时肯定看到过下面这种图,它叫序列标识图(Sequence logo),是基于多序列比对的序列保守性可视化图形。图片的你一定好奇这种漂亮的图怎么画的吧,其实用上面的工具就能很容易地做出来。 打开上面的网址,先看一下WebLogo的主界面,在简介中可以看到这是一个...
WebLogois a web-based application designed to make the generation of sequence logos easy and painless. WebLogo has been featured in over10000scientific publications. Asequence logois a graphical representation of an amino acid or nucleic acid multiple sequence alignment. Each logo consists of stacks ...
WebLogo: A Sequence Logo Generator WebLogo is a web based application designed to make the generation of sequence logos as easy and painless as possible. WebLogo can create output in several common graphics' formats, including the bitmap formats GIF and PNG, suitable for on-screen display, and...
Add a description, image, and links to the weblogo topic page so that developers can more easily learn about it. Curate this topic Add this topic to your repo To associate your repository with the weblogo topic, visit your repo's landing page and select "manage topics." Learn more ...
WebLogo是一款经典的motif可视化软件,在很多的文章中都提到了使用该软件绘制motif的sequence logo。作为一个在线工具,其操作简单,易于使用,网址如下 http://weblogo.threeplusone.com/ 只需要上传序列的多序列比对结果即可, 以下图中的bing sites的序列为例
Weblogo官网:WebLogo 3 - About 目前官方的WEB版本是3.7.11,WEB版自己可以调整的参数设置并不多,要想画出有目的性的图还是要部署本地化的WebLogo。 官方的例图 github.com/WebLogo/ conda install -c conda-forge weblogo Ghostscript : Downloads #这个也要下 选择自己对应系统的版本 weblogo -h #当安装完成...
file=open('weblogo.eps','w') file.write(eps) file.close() 最终图像需要用AI软件打开: 接下来我们在R中去实现我们的weblogo图绘制。 首先看下rPython中相关的函数: python.assign用于将R语言变量传递给python,与之相对应的是python.get函数。 python.assign(var.name, value, ...) ...
简介 下面就是小编带给大家的weblogo怎么使用方法操作，希望能够给你们带来一定的帮助，谢谢大家的观看。方法/步骤 1 今天小编给大家介绍一款可以将序列可视化的软件，它是基于多序列比对，以图形的形式将保守区域展示出来，总高度表示此位置上的序列保守性，单个碱基代表出现的频率。2 要是运行较大数据量时，建议使用本...
Weblogo基于多序列比对信息,把多序列的保守信息通过图形表示出来。每个logo由一系列碱基(氨基酸)组成,在每一个序列位置上用总高度表示此位置上的序列保守性,用碱基(氨基酸)字母的高度表示出现的频率。比较于sequence logos方法,Weblogo改进了特异fonts产出的...