输入函数以read_json为例:将一个json文件转化为Object变量 # json file: person.json{"name":"John","age":42}# WDL readworkflow demo{ Filejson_file="person.json"Object p = read_json(json_file)... call record{input:name = p.name, age = p.age } } 输出函数以write_tsv为例:将一个WDL...
task example { Map[String, String] map = {"key1": "value1", "key2": "value2"} command { ./script --map=${write_json(map)} } }If this task were run, the command might look like:./script --tsv=/local/fs/tmp/map.json ...
文件输出:write_tsv, write_lines... #变量转化为文件 基本格式:TSV tab分隔,类似R中的data.frame。 tsv文件在wdl解析时,没有表头行(header),因此在scatter时需要进行特别处理。 基本格式:JSON 结构化存储,key-value 对于结构相对复杂的数据类型,如Map、Object,非常适合json输入输出 输入函数以read_json为例:将...
fetched_timeline=timeline.Timeline(run_metadata.step_stats)chrome_trace=fetched_timeline.generate_chrome_trace_format()withopen('/tmp/timeline_01.json','w')asf:f.write(chrome_trace) 这样训练到global step在1000轮左右时,会将该轮训练的Timeline信息保存到timeline_01.json文件中,在Chrome浏览器的地址栏...
metadata) if global_step > 1000 && global_step < 1010: from tensorflow.python.client import timeline fetched_timeline = timeline.Timeline(run_metadata.step_stats) chrome_trace = fetched_timeline.generate_chrome_trace_format() with open('/tmp/timeline_01.json', 'w') as f: f.write(chrome_...
f.write(chrome_trace) 这样训练到global step在1000轮左右时,会将该轮训练的Timeline信息保存到timeline_01.json文件中,在Chrome浏览器的地址栏中输入chrome://tracing,然后load该文件,可以看到图像化的Profiling结果。 业务模型的Timeline如图所示: Timeline显示数据输入是性能瓶颈 ...
功能 使用BWA + GATK进行变异检测的最佳实践流程,且优化为按染色体切分,并行进行变异检测和BQSR步骤,加快分析进度。 流程图 input.json {"wgs.apply_bqsr.cpu":32,"wgs.apply_bqsr.disks":"local-disk 250 cloud_ssd","wgs.apply_bqsr.gatk_Launcher":"/usr/local/bin/gatk-4.1.4.1/gatk","wgs.apply_bqsr...
Right now when one runs make test_api_rewrite in this repo, we resubmit all WDLs and so we re-write a new mocked_submissions.json file - because of that, we need to rerun all tests (which updates the cassettes files) so that when we run ...
使用BWA + GATK进行变异检测的最佳实践流程,且优化为按染色体切分,并行进行变异检测和BQSR步骤,加快分析进度。 流程图 input.json AI检测代码解析 { "wgs.apply_bqsr.cpu": 32, "wgs.apply_bqsr.disks": "local-disk 250 cloud_ssd", "wgs.apply_bqsr.gatk_Launcher": "/usr/local/bin/gatk-4.1.4.1/gatk...
writeJSON函数可以写到另外一个文件中,然后再source调用比较方便。 运行WDL脚本 不需要安装,只需要用调用java包即可。 wget https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases/download/47/cromwell-47.jar java -jar cromwell-47.jar run test.wdl --inputs test.json ...