Visual Molecular Dynamics简称VMD,是由美国伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校(University of Illinois at Urbana-Champaign)的理论和计算生物物理学小组(Theoretical and Computational Biophysics Group)开发的一个开源分子可视化(Molecular Visualization)软件。 VMD是为蛋白质、核酸、脂质双层组件等生物系统的建模、可视化和分析而...
以1ubq.pdb在做演示,点击(a),就会出现窗口(b) 点击Browse可选择本地文件,点击Load载入 图1 载入一个分子 2.显示分子 VMD允许旋转、移动、缩放等操作,来显示分子3D结构 鼠标操作:长按左键进行上下左右旋转,右键可绕中心平面内旋转,滑轮可进行缩放(见图2) 在VMD Main→Mouse也可以转换操作方式(见图3) 图2 ...
VMD代表的是Visual Molecular Dynamics,即视觉分子动力学。它是一种专业的分子可视化和分析程序,主要针对蛋白质、核酸、脂质双层组件等生物系统进行设计。VMD可以与Amber软件联用,目前对学术研究人员是免费提供的。VMD的功能非常强大,包括但不限于分子结构的显示、分子动力学模拟结果的分析、高分辨率图像的导出等。 VMD的...
`VMD - Visual Info) Molecular Dynamics', J. Molec. Graphics 1996, 14.1, 33-38. Info) --- Info) Multithreading available, 56 CPUs detected. Info) Free system memory: 249GB (97%) Info) Creating CUDA device pool and initializing hardware... Info) Detected 2 available CUDA accelerators:...
Journal of Molecular GraphicsHumphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. VMD: Visual Molecular Dynamics. J. Mol. Graph. 1996, 14 (1), 33-38, 27-28.Humphrey W, Dalke A and Schulten K. VMD: Visual molecular dynamics. J. Mol. Graph. Model. (1996) 14: 33-8. This article is ...
Info) Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., `VMD - Visual Info) Molecular Dynam...
Info) Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., `VMD - Visual Info) Molecular Dynam...
VMD Visual Molecular Dynamics ELSEVIER VMD: Visual Molecular Dynamics William Humphrey, Andrew Dalke, and Klaus Schulten Theoretical Biophysics Group, University of Illinois and Beckman Institute, Urbana, Illinois 61801 VMD is a molecular graphics program designed for the display and analysis of ...
\\uppercase{VMD}: visual molecular dynamics. W Humphrey,A Dalke,K Schulten 被引量: 2.2万发表: 1996年 Multiple Alignment of protein structures and sequences for VMD It is implemented as a plugin for VMD (Visual Molecular Dynamics), which is distributed by the NIH Resource for Macromolecular ...
先说第二个问题吧(那我为什么不直接把它写到第一个?),以前在全原子时期我就遇到过这种问题,不过由于全原子文件相对较小,个人电脑还能够应付,另外MS支持多格式转换,可以把.xsd文件修改成.pdb或者.mol等格式,这些格式的文件可以被VMD(Visual Molecular Dynamics)软件打开,这个软件浏览结构、观察轨迹以及增加周期性等操...