vmd-tutorial-files中找到文件 1UBQ.pdb,留意到当你选择这个文 件的时候,就会回到MoleculeFile Browser窗口。为了精确地导入你 要导入的文件肯定不要忘了按下图2导入分子 Load(d)按钮。 现在,泛素在你的OpenGLDisplay窗口中显示出来。你可以随时选择MoleculeFileBrowser ...
首先,导入你要用到的分子。 1用File —— New Molecule.菜单项打开Molecule File Browser你需要载入泛素的X射线三维结构图,可以用第一单元中学到的操作,也可直接用命令导入。 2 确定你正在vmd-tutorial-files下。在VMD终端,输入mol new 1UBQ.pdb。.泛素在水盒中的溶解平衡模拟已经在1ns的时间范围内实现。你的...
1、一台电脑;(配置没啥要求) 2、VMD软件。 官网下载地址:http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd 教程文件下载地址:http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/vmd-tutorial-files.zip 或者在公众号“绘图教程>>素材分享”菜单中也可以下载。 安装好之后...
在教程中提供了一个pdb文件1UBQ.pdb,文件中包含了泛素的原子坐标。1在VMD主窗口的菜单栏中选择File ——New Molecule,如图2(a),屏幕上会显示另外一个窗口,即Molecule File Browser(b)。 2 应用Browse.(c)按钮在vmd-tutorial-files中找到文件1UBQ.pdb,注意到当你选择这个文件的时候,就会回到Molecule FileBrowser...
2 Suggested Reading VMD Tutorial(online HTML)(PDF)(Required tutorial files -- Unix tar.gz format) List of other tutorials for VMD, NAMD, and Lattice Microbes Molecular cell biology case studies taught with interactive VMD molecular graphics
ﻩ图1:VMD-tutorial-files的目录结构 运行VMD,可以在Unix终端窗口中键入vmd,在MacOSX的应用文件夹中双击 VMD应用程序图标或者在windows中单击开始——程序——VMD。 1VMD基础 在本单元中你会通过构建一个泛素的较美观的图形来熟悉VMD的基本命令。另外,你 可以学习怎样用VMD来寻找蛋白质结构上的有趣的特点。 1.1导...
图1:VMD-tutorial-files的目录结构 运行VMD,可以在Unix 终端窗口中键入vmd, 在Mac OS X的应用文件夹中双击VMD应用程序图标或者在windows中单击开始——程序——VMD。 1 VMD基础 在本单元中你会通过构建一个泛素的较美观的图形来熟悉VMD的基本命令。另外,你可以学习怎样用VMD来寻找蛋白质结构上的有趣的特点。 1.1...
你可以在VMD-tutorial-files目录里找到本教程的文件。如图1所示的VMD-tutorial-files的文件和目录 图1:VMD-tutorial-files的目录结构运行VMD, 可以在Unix 终端窗口中键入vmd, 在Mac OS X的应用文件夹中双击VMD应用程序图标或者在windows中单击开始——程序——VMD。1 VMD基础在本单元中你会通过构建一个泛素的较...
2 Use the Browse (Fig. 4(c))button to(nd the)le 1ubq.pdb in vmd-tutorial-files direc-tory. Note that when you se-lect the(le)you will be back in the Molecule File Browser win-dow. In order to actually load the,le you have to press Load (Fig. 4(d)).Do not forget to do...
(c )按钮在 vmd-tutorial-files中找到文件 1UBQ.pdb,注意到当你选择这个文 件的时候,就会回到Molecule File Browser窗口。为了精确地导入你要 导入的文件一定不要忘了按下Load (d )按钮。 图2 导入分子 现在,泛素在你的OpenGL Display窗口中显示出来。你可以随时选择Molecule File Browser 窗口。 Webpdb. 如果...