一旦分子结构加载完成,你可以通过vmd的GUI来执行各种操作,例如旋转、平移、放大、缩小和选择分子等。 5. 使用tcl脚本 除了使用GUI界面,vmd还支持使用tcl脚本来执行各种操作。你可以创建一个包含vmd命令的文本文件,并使用以下命令来运行该脚本: “` vmd -e script.tcl “` 这将执行名为script.tcl的tcl脚本。 这些...
3）source iso.tcl 但是在当前目录下没有生成view.txt文件 ，所以最后得到的.bmp也不是想要的视角。
有人请我写一个计算垂直于溶液界面的即不同z值处的水能形成氢键数的脚本,下面是我的VMD Tcl脚本,或许有人也用得着。 氢键判据用的是常用的35度3.5埃的几何判据,当然也可以直接在脚本里改。计算方法是,只要有水分子有一个原子在某一层里,则这个水分子就认为属于这一层的水。对于每一帧,计算属于每一层的水...
A script to link the centers of mass of molecules that are close together in VMD 文/Sobereva@北京科音2018-Mar-7 在计算化学公社论坛上有人问下图这种把距离较近的分子质心连线的图怎么绘制 其实这种问题用VMD的tcl脚本非常容易实现,下面是笔者写的绘制这种图的tcl脚本,20多行就实现了。可见VMD脚本稍微会一...
你可以用一个预写的脚本(因为直接写比较麻烦)来完成。如果你喜欢刺激的话,那就看一下这个脚本。如果你已经对此很熟练,写这样一个脚本就是小菜一碟了。从文件中运行一个脚本,可以用 Tcl 源命令: source file– runs a script from a text file 1 脚本在vmd-tutorial-files的文件coloring.tcl中。在VMD Tk Con...
sourcefile–runsascriptfromatextfile 1脚本在vmd-tutorial-files的文件coloring.tcl中。在VMDTkCon窗口中应用cd吩咐找到这个 书目。它会变更晶体分子的beta值,反映在平衡后分子中原子的位置变更。我们输入以下吩 咐,运行这个脚本: sourcecoloring.tcl 2要看到新的beta值,需设置分子crystal的ColoringMethod为Beta,隐藏分...
VMD的使用方法有很多中,tcl的语言也使得可以执行更高阶更灵活的操作,比如参考链接1中的操作就非常的华丽。但是这里我们仅仅为了可视化静态的3D分子模型,所以只介绍一些基本用法。首先我们需要在本地构建一个分子模型的文件,一般以.xyz结尾。文件的格式为:开头的分子数,第二行的标记,这里使用的是mol这种标记,后面的所...
LINUXOPENGL FLTK TK ACTC IMD SPACEBALL LIBTACHYON VRPN NETCDF TCL PYTHON PTHREADS NUMPY SILENT 4. 编译 cdsrcmakeinstall 5. 修改环境变量 VMD默认安装在/usr/local/bin下,所以修改~/.bashrc文件,把/usr/local/bin加入到PATH中,并且source ~/.bashrc确保修改生效 ...
蛋白 coordpdb REC.pdb REC segment PEP {pdb PEP.pdb} # 创建并加载多肽 coordpdb PEP.pdb PEP guesscoord # 对一些缺失原子,比如氢原子坐标补全 writepdb merged.pdb # 保存为pdb文件 writepsf merged.psf # 保存为psf文件 exit EOF vmd/1.9.3/vmd -dispdev text -e pipline.tcl rm pipline.tcl...
分子动力学模拟软件VMD的安装与使用,本文重点介绍了VMD分子动力学模拟可视化软件的安装与基本使用方法,VMD是一款非常小而精致的可视化工具,在业界也备受推崇。如果只是用于做分子模型的展示,功能是完全足够的,如果要执行更多的操作,需要掌握tcl语言,当然这也是一个坑