TCL语言是“Tool Command Language”的简写,读作"tickle",常被用于快速原型开发、脚本编程、GUI 和测试等方面。 TCL的教程强烈推荐李继存老师的博文: 《TCL培训教程》jerkwin.github.io/2016/10/28/TCL%E5%9F%B9%E8%AE%AD%E6%95%99%E7%A8%8B/ 如果想在Windows系统搭建TCL的开发环境,可以进入TCL官网上的...
安装完成后，你可以选择两种方式启动VMD：一是通过点击应用程序图标来启动图形界面（GUI），二是使用终端来启动命令行界面（CUI）。如果你熟悉Linux命令，推荐使用后者。要在终端中启动VMD，你需要配置环境变量。将以下内容添加到你的~/.bash_profile或~/.bashrc文件中：export PATH="/Applications/VMD app/Contents/v...
参考:将参数从命令行传递到tcl脚本-腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com) 最简单地,VMD可以通过以下方式进行TCL脚本执行,即: vmd -e foo.tcl 如果不会 TCL 语言,可以在File选单中打开Log Tcl Commands to Console功能,让你的每一步操作的TCL指令在命令行显示出来,之后选取需要的抄进TCL脚本中就行了。 进一步...
VMD是一种广泛用于生物分子和材料科学研究的软件,它提供了丰富的分析功能,帮助研究者解读分子动力学模拟和分子对接的数据。📊 通过VMD,科学家们可以直观地查看配体与受体之间的相互作用,包括氢键的形成。VMD支持Tcl脚本语言,这使得用户能够编写自动化脚本,以简化分析过程。🖥️ 例如,如果你想在图形界面中以虚线连接...
VMD的使用方法有很多中,tcl的语言也使得可以执行更高阶更灵活的操作,比如参考链接1中的操作就非常的华丽。但是这里我们仅仅为了可视化静态的3D分子模型,所以只介绍一些基本用法。首先我们需要在本地构建一个分子模型的文件,一般以.xyz结尾。文件的格式为:开头的分子数,第二行的标记,这里使用的是mol这种标记,后面的所...
本文重点介绍了VMD分子动力学模拟可视化软件的安装与基本使用方法,VMD是一款非常小而精致的可视化工具,在业界也备受推崇。如果只是用于做分子模型的展示,功能是完全足够的,如果要执行更多的操作,需要掌握tcl语言,当然这也是一个坑点。版权声明本文首发链接为:https://www.cnblogs.com/dechinphy/p/vmd.html 作者ID:De...
这里我先介绍这个渲染cube的模块: vcube，它是纯tcl语言写的，在vmd中运行，没有调用Multiwfn，不过它...
本文重点介绍了VMD分子动力学模拟可视化软件的安装与基本使用方法,VMD是一款非常小而精致的可视化工具,在业界也备受推崇。如果只是用于做分子模型的展示,功能是完全足够的,如果要执行更多的操作,需要掌握tcl语言,当然这也是一个坑点。 技术背景 在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型,所谓的复杂不...
3. 编写Tcl C extensions 使用C语言，我们可以首先得到一个最简单的随机数生成函数：static inline ...
VMD不仅支持传统的Tcl语言,还提供了Python接口,使得与Python的集成更加高效。通过MDAnalysis和pyMOL等库,用户可以轻松地对MD模拟结果进行更深入的分析。 以下是一个使用Python进行基本分析的示例: AI检测代码解析 importMDAnalysisasmdaimportmatplotlib.pyplotasplt# 加载分子结构和轨迹u=mda.Universe('my_protein.pdb',...