调用vmd后台运行tcl脚本命令：exec vmd -dispde ...非常感谢！我把vmd topotool里我需要的proc放到一...
vmd -e foo.tcl 如果不会 TCL 语言,可以在File选单中打开Log Tcl Commands to Console功能,让你的每一步操作的TCL指令在命令行显示出来,之后选取需要的抄进TCL脚本中就行了。 进一步地,如果某些时候我们需要外部参数,自动化处理一些文件的时候,可以通过以下方式传参: vmd -e foo.tcl -args bar 其中,bar代表...
VMD给我们提供了一个极为方便的工具:File>Log Tcl Commands to Console,这样在图形界面的操作都会在命令行里面记录下来,方便在脚本中批量处理。 首先明确selection对象的概念。 通过脚本选择原子,要用VMD的选择语句: atomselect 体系id 选择语句 [frame 帧号] atomselect 命令选择了指定特征的原子,并创建了一个 select...
一、UNIX-like command 1. tcat 该命令可以像linux下的cat一样展示文件内容 proc tcat {filename} {...
vmd -e script.tcl “` 这将执行名为script.tcl的tcl脚本。 这些是一些常用的vmd相关的Linux命令,你可以根据自己的需求来使用和学习更多的vmd命令。 VMD (Visual Molecular Dynamics) 是一种流行的分子模拟软件,用于可视化和分析生物分子模型。它允许用户通过图形界面或命令行界面进行操作。在Linux系统上,VMD可以使用...
VMD支持Tcl/Tk脚本语言，允许用户通过自动化操作和自定义分析流程来增强功能。VMD高级图形渲染 VMD提供了诸如光照、阴影和景深等高级渲染选项，能生成适合出版的分子图像。结语 VMD是一款免费的分子结构和模拟可视化软件，在处理大型数据时，如模拟轨迹，相比其他软件（例如PyMol）更为轻便高效。尽管在图形用户界面方面可能...
幸运的是，我们可以通过自定义VMD的初始显示模式来改善这一状况。这些设置通常保存在与vmd.exe同名的目录中，文件名为vmd.rc。这是一个用于初始化的脚本，其中我们可以加入自己的tcl脚本，以满足个人的需求。以下是我为VMD编写的初始化脚本，它主要改进了三个方面：切换到正视图，而不是默认的透视图。当存在盒子大...
vmdinfo options显示被用于编译VMD的选项,结果一般是WIN32 TCL vmdinfo www显示VMD主页 vmdinfo wwwhelp显示VMD帮助主页,结果和上面一样 user print keys显示所有快捷键 user add key a dir在Display窗口中,按a,就相当于输入了dir,即自定义快捷键 menu list列出所有可以列出的菜单,这些菜单往往不直接出现在GUI上,...
File -> Log Tcl Commands to Console # 可以将 GUI 界面的所有操作以 tcl 命令的形式输出到 Tk console Tk console导入分子12345678 mol new ../ionized.pdb type pdb waitfor all mol addfile file.pdbmol load parm7 parm.file rst7 crd.file # Ambermol load psf psf.file pdb pdb.file # namdmol...
用于着色的数值如果是在dump文件中一同输出的,可以使用Linux下的awk, grep等命令提取出来,这个自己处理。 二、tcl脚本操作 1、将上面的轨迹文件dump.pdb和用于着色的数据文件user.data拷贝到VMD的安装主目录下(C:\Program Files\University of Illinois\VMD),因为这个是VMD的tk控制台工作的默认目录。