Selection设置：通过Selected Atoms栏，用户可以输入特定的命令来选择想要显示的原子，从而实现对显示内容的灵活调整。VMD采用特定的语法规则来选择原子，因此用户需要学习和熟悉这些规则。例如，用户可以显示蛋白质的主链、特定残基、特定原子或特定区域内的原子。Repository的使用：VMD的Repository功能允许用户创建新的Repository...
下图部分为各种表示的当前状态,由三个元素构成。Style为样式显示方案;Color为颜色显示方案;Selection为内容显示方案。 如此时蛋白结构以线状显示,根据名称进行着色,所有的原子都显示。下图中可以设置当前选择的原子,Coloring Method的下拉菜单可选择着色方案;Drawing Method的下拉菜单可选择显示样式;Material的下拉菜单可选择...
我认为selection 1 是中心原子，selection 2 是分布的原子。也就是selection 2 在selection 1 周围的...
下图部分为各种表示的当前状态,由三个元素构成。Style为样式显示方案;Color为颜色显示方案;Selection为内容显示方案。如此时蛋白结构以线状显示,根据名称进行着色,所有的原子都显示。 下图中可以设置当前选择的原子,Coloring Method的下拉菜单可选择着色方案;Drawing Method的下拉菜单可选择显示样式;Material的下拉菜单可选择...
在一些VMD的插件中，比如计算rdf的Radial Pair Distribution Function g(r)插件里，当Selection文本框里用...
VMD可以以多种模式展示分子的结构,通过其自带的selection功能可以实现局部分子结构或模型的选取。具体路径:打开VMD>Graphics>Representations 在选择之前,需要建立一个新的图层,点击Create Rep选项卡,再在Selected Atoms中输入选择语句即可。 常见的selection语句及其含义如下: ...
下图部分为各种表示的当前状态，由三个元素构成。Style为样式显示方案；Color为颜色显示方案；Selection为...
第二个元素是用什么颜色(Color)显示,当前使用的颜色是按原子名定义的不同颜色(Name)。最后一个元素是要显示什么内容(Selection),当前显示的内容是所有原子(all)。这三个元素分别在 Representation窗口里的 Draw style 标签下的 Drawing Method 下拉条、Coloring Method 下拉条和Selected Atoms 输入框里进行设置。
4.1 Extensions -> Analysis -> Radial Pair Distribution Function g(r) 4.2 自定义下列选项 Use Molecule: 选择分子 selection 1: 参考1 selection 2: 参考2 # selection 与选择特定原子的关键词相同,既可以是某种原子,例如,type 1,也可以是多种原子,例如,type 1 to 10 First: 统计RDF的起始帧 Last: 统计...
VMD(http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/)是极其强大、灵活的化学体系可视化程序,笔者之前也写过不少相关文章,见http://sobereva.com/category/VMD/。VMD的选择语句(selection)用来选择满足特定要求的体系中的原子,其用法极度简单灵活,对于VMD的使用至关重要。 选择语句在VMD里用的地方非常多,无处不在。比如...