按照社长的帖子用Multiwfn生成的cub文件，运行VMD后在 cubeplugin) trying to read cube data set 0 处...
-dispdev text复制代码来使用纯文本模式启动vmd，这种情况下无法调整分子的角度，使用快捷键，但是vcube...
cub2iso 0.015:在使用cub2命令后使用,代表把已载入的两套cube文件对应的等值面数值都设为0.015 每次使用cub或cub2命令之前都会自动将之前载入的格点数据从VMD中清掉,因此这俩命令可以反复用无数次。 和前述的《用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法》里的做法一样,用VMD绘制出来之后,可以借助Multiwfn程序包里的examp...
第二种是类似《基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法》(http://sobereva.com/402)文中的做法,用Multiwfn产生电子密度和静电势的cube文件,载入到VMD里,将静电势的数据以不同颜色映射到电子密度的等值面上。本文说的范德华表面是指Bader的定义,即把电子密度0.001 a.u.等值面作为范德...
空间分布函数(spatial distribution function, SDF)在分子动力学中被用来描述粒子周围环境三维空间的分布情况。在GROMACS中提供了一个gmx spatial的工具来进行计算,其输出文件为Gaussian98 cube 格式,本文将简述如何生成cube文件并通过VMD进行绘制SDF。 一、处理轨迹 为了得到有意义的SDF,整个轨迹中溶质分子必须在盒子内居中...
计算步骤：第一：使用GROMACS生成grid.cube文件 使用gmx make_ndx创建两个组, 一个包含中心分子, 一个包含要统计SDF的原子我试过两种方案，一种是以一个表活剂作为中心分子建一个group，以中心分子头基附近的水建一个group，用这两个group计算SDF；另一种是以所有表活剂作为中心分子建一个group，以体系中所有水...
求问，CP2K的性质计算结果有好多cube文件，如何处理这些文件，进而用VMD作差分密度图 发自小木虫Android...
计算步骤: 第一:使用GROMACS生成grid.cube文件 使用gmx make_ndx创建两个组, 一个包含中心分子, 一个包含要统计SDF的原子 我试过两种方案,一种是以一个表活剂作为中心分子建一个group,以中心分子头基附近的水建一个group,用这两个group计算SDF;另一种是以所有表活剂作为中心分子建一个group,以体系中所有水建...
第一步:打开VMD软件,导入上一步生成的grid.cube文件,此时看到的是上一步选择的中心分子组的结构,将中心分子组调整至所需要的结构,如下图所示: 第二步:点击Graphics下的representations,再点击Create Rep,新建一个图层。在新建图层中,Coloring Method 选择ColorID,Drawing Method选择Isosurface。通过改变Isovalue值的大小...
从Multiwfn2.3开始,Multiwfn可以读入cube文件,可以直接用于显示cube文件的等值面。这里用它来观看盆景的体数据。 用Multiwfn观看龙虾就必须得到相应的体数据文件。在Volrenapp的老版体数据库http://www.gris.uni-tuebingen.de ... asets/datasets.html里面找到龙虾图案并点击,得到lobster.raw.gz。此数据库里的体数据...