现在你将学到VMD中一个非常重要的Tcl命令: atomselect molid selection – creates a new atom selection 对于atomselect,首先要讲的是molecule ID(主窗口的最左边),其次是文本原子选择,就PDB B-因子范围。PDB 文件中“B”的范围通常储存晶体结构的“温度因子”,在 VMD 中读入“Beta”范围。由于我们目前的重点不...
set seltte [atomselect top "type 32 and same residue as {exwithin 2.6 of index $i} and...
命令的功能是:把protein周围3A内的lipid整分子选中,因为lipid是多个atoms组成的,如果不用same关键字的话,可能删除的是一个lipid分子的部分原子。 那为了显示保留下的,我们对上面取反选择: set b [atomselect top { not {same resid as (lipid exwithin 3 of protein)}} ],可以通过增大within raduis来增大删除...
name和element在VMD里是每个原子的两种不同的属性,name是原子的名字,element是元素周期表里的元素符号(第一个字母大写,第二个小写)。在VMD的文本窗口中,输入[atomselect top all] get name命令可以列出当前体系里所有原子的name,输入[atomselect top all] get element命令可以列出当前体系里所有原子的element,都是按...
3 把键都设好后，运行atomselect top all，比如之后显示atomselect0，然后输入atomselect0 getbonds，得到...
输入set sel [atomselect top "protein"] $sel writepdbnot_water.pdb可以生成不含水和配体是的纯蛋白结构。 之后通过下面的脚步命令对两个蛋白分子分别加H原子。 去水加氢后的结构 package require psfgen调用psfgen程序 topology top_all36_prot.rtfrtf文件为Charmm中蛋白质相关参数 ...
atomselect之后占用内存,选择范围的原子越多占得越大,应当用完之后删除,比如atomselect1 delete,内存就释放了。但是atomselect编号仍然继续往后延,并不会重新占用已经删了的。 修改TKconsole的设置,通过修改D:studyVMD186pluginsnoarchtclvmdtkcon1.0tkcon-modified.tcl。比如里面的font create tkconfixed -family Courier ...
atomselect0 moveby {1 1 6} # 把所选原子向1,1,6向量方向和距离上移动 atomselect0 moveto { 3 6 5} # 把所选内容移动到3,6,5位置 原文:VMD的TK Console中的内置命令 设置resname/chain/resid mol load pdb fileA.pdb set sel [atomselect top "serial <=9"] ...
选择语句在VMD的分析脚本的编写中起到极为关键性角色,用于创建atomselect对象、作为自带命令传入的参数。我在“北京科音分子动力学与GROMACS培训班”(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里非常深入系统讲解VMD分析脚本的编写并给出巨量例子,其中大量用到选择语句的知识。顺带一提,如今GROMACS里也可以...
set sel [atomselect top all] #设置sel变量为分子编号为top的值,这个就不用管了 set fp [open "user.data" r] #设置fp变量为读入数据文件user.data #下面开始处理循环 for {set i 0} {$i<$numframes} {incr i} { #从0帧开始循环 $sel frame $i set ulist "" #建立名字为ulist的表,表为空...