现在将鼠标移至显示窗口中,按住鼠标左键拖动,可进行旋转;按住右键左右拖动,蛋白质结构会垂直于屏幕旋转;滑动鼠标滚轮,可将蛋白放大或缩小。VMD中有多种鼠标模式,默认的鼠标模式是 Rotate Mode(旋转模式,R),以上即为R模式的操作方式。 在主窗口菜单栏的Mouse菜单,可将鼠标模式改为Translate Mode(移动模式,T)或Scale...
首先查看.gro文件,分析数据的组成,以此决定VMD可视化需建立的图层数量(区分溶剂和分子) 2.建立图层 在VMD中导入.gro文件,打开Graphics—Representations模块,Create Rep建立相应数量的图层,更改关键词区分溶剂和分子 3.更改背景颜色 打开Graphics—Color模块,选择Display—Background—white 4.修改各部分颜色及显示方式 打开...
第一种:在“ VMD main”中选定该分子,然后在“VMD Main”中,Molecule——Delete Molecule第二种:在“VMD Main”中,Extentions——Tk Console,然后在“VMD TkConsole"中,输入 mol delete all,然后按回车,就删掉啦。2、显示原子名称,键长,键角,二面角。一开始在VMD中打开一个分子,将鼠标放到openGL Display中,...
软件使用 安装后,直接打开该软件,然后把 .xyz文件拖到软件即可,或者直接用该软件打开文件; 一进去一般是这样子的: 就一些空间上的点,其它原子啊、他们之间的键啊都没有显示; 这都不重要,主要会用Graphics和Display就行: 调出原子和键 进入Graphics 的 Representations: 点击Create Rep,创建两个图层...
VMD使用教程(三) VMD 中的原子选择方法 VMD提供了非常丰富的原子选择方法,可以实现非常复杂的原子选择问题。但语法上基本上是 keyword+逻辑运算+通配符+数学表达式,上面keyword是前提,逻辑操作,通配符,和数学表达式要在适当的keyword下进行操作。 Keyword 分别为三类,bool, str,num(布尔型,字符型,数值型),三种类型...
VMD教程-使用VMD在2分钟内创建用于发布的高质量图片(中英双字)16 1825 0 03:35 App VMD教程-如何从蛋白质数据库中获取蛋白质PDB文件(中英双字)-2 774 0 01:34 App VMD教程-在VMD中创建psf文件时出错(中英双字)-5 1552 0 08:00 App VMD教程-基于VMD的弹道RMSF分析(DCD文件)(中英双字)-13 451 0 04...
1. 删除分子要移除已加载到窗口的分子，有以下两种方法：在“VMD Main”中，选择要删除的分子，然后选择“Molecule”>“Delete Molecule”。或者，打开“VMD TkConsole”，输入“mol delete all”并回车即可完成删除。2. 展示原子信息- 当打开分子后，使用鼠标在OpenGL Display中单击以选择原子。在"Rotate...
【hs2教程】使用vmd插件跳舞, 视频播放量 66645、弹幕量 1、点赞数 1423、投硬币枚数 1203、收藏人数 1292、转发人数 65, 视频作者 六边形战士不良帅, 作者简介 ,相关视频:vam 威力加强版你绝对不敢对视 对视挑战 无吓人,hs2 工作室 舞蹈011 千星绪,HS2场景卡分享,Hone
1、将两个分子分别导入到同一个VMD OpenGL Display 窗口(由于视觉的原因,两个分子的远近不一样,大小也不同,这可以通过分别调节两个分子大小,直至它们能够以合理尺寸出现在同一视野中),将两个分子分别重命名为crystal和simulation; 2、对两个构型的表现特点进行调节,将coloring method都改为colorID,颜色一个为0(blu...
说,开更~ 插件链接惯例在教程末尾放上~ヽ(゜▽゜)ノ 首先按住【ctrl+i】召唤VMD插件(注意左角的FPS刷新率值)ヽ(✿▽゜)ノ 你会发现【图1】VMD插件会有个off,当然前提一定要先放置至少一名角色,不然可没有OFF这样的界面,然后打开off,就行啦~ 是不是很简单ヽ(✿゜▽)ノ 成功打开插件后, 点击...