VennDiagram是绘制韦恩图时较为常用的一个R包,通过对其中的相关参数进行调整可以达到不同的个性化效果,今天我给大家介绍一些常用的绘图参数: ### venn.plot <- venn.diagram( gene_list,#输入的基因数据 scaled = FALSE,#不根据数据的大小来自动调节圆的大小 fill = c(“green”, “yellow”), # 区域填充色...
geneList[[header[1]]]=uniqGene 获取gene uniqLength=length(uniqGene) 获取gene长度 print(paste(header[1],uniqLength,sep=" ")) 输出每个文件名和gene个数 } 四、绘图 绘制venn图 venn.plot=VennDiagram(geneList,filename=NULL,fill=rainbow(length(geneList))) 图片 五、保存图片、数据 保存图片 pdf(...
VennDiagram要求的输入数据就是list 代码语言:javascript 复制 #韦恩图library(VennDiagram)venn_list<-list('Genecards'=gene_cards$`Gene.Symbol`,'m6A_seq'=m6A_seq,'Rip_seq'=Rip_seq)venn_listvenn.diagram(venn_list,filename='venn2.png',imagetype='png',fill=c('red','blue','green'),...
R-ggVennDiagram包和ggvenn包一样也是ggplot2的拓展包,其可以支持2~7维的韦恩图绘制,这里小编直接通过使用ggVennDiagram()绘制韦恩图进行解释。 「样例」: 代码语言:javascript 复制 library(ggVennDiagram)# 样例数据 genes<-paste("gene",1:1000,sep="")set.seed(20210419)x<-list(A=sample(genes,300),B=sam...
library(VennDiagram) 设置工作路径 setwd("C:/科研/SNU16_result/VennDiagram") 整理数据 prognosis_set <- read.table("prognosis_gene.txt") amplify_set <- read.table("amplifygene.txt") colnames(prognosis_set)[1] <- "prognosis" colnames(amplify_set)[1] <- "amplify" geneList=list() geneLis...
venn.plot=venn.diagram(gene_list[1:3],filename=NULL,category.names=LETTERS[1:3],cat.cex=1.5,cat.fontface="bold",cat.pos=c(-20,20,180),cat.col=rainbow(3))grid.draw(venn.plot)file.remove(list.files(pattern="*log"))dev.off() ...
前面文章提到Venn图的画法-“韦恩图的绘制及交集元素的提取(R包VennDiagram)”,Venn图经常用于表现组间重叠元素的数量信息。但是随着分组数量的增多,Venn图的结构会越渐复杂,如下所示,当分组数量为5组时,已经不容易从中识别交集概况了。因此,这也是为什么很少见到5组以上的Venn图的原因。
ggVennDiagram包,韦恩热图 (进阶版) genes <-paste("gene",1:1000,sep="") x <-list(A=sample(genes,300), B=sample(genes,525), C=sample(genes,440), D=sample(genes,350)) library(ggplot2) ggVennDiagram(x) +scale_fill_gradient(low="blue",high="red") ...
Venn diagram illustrating overlap among functional gene lists.Christopher, W. ResnykChuming, ChenHongzhan, HuangCathy, H. WuJean, SimonElisabeth Le, BihanDuvalMichel, J. DuclosLarry, A. Cogburn
a<-list(A=VENN_1$gene, B=VENN_2$gene) fill.col<-c("#0055AA","#C40003") #颜色填充 venn.diagram(x=a, scaled = F,#两个圆圈一样大小 scaled = T时按照内部数量比例来画圈的大小 filename = "venn.tiff", #命名 cex=2, #区域内部数字的字体大小,即个数的字体 ...