其中,通过conda安装的vcftools,可能不带vcf-concat等程序。从这一点看,bcftools更方便。 1个经验是:既然有GATK的MergeVcfs可用,那就尽量不用vcftools或bcftools,否则可能踩到另一个坑:不同程序对VCF文件的索引格式的要求不同、VCF的"FORMAT"列等也可能改变。 合并:不同样本的普通VCF文件 普通VCF文件只记录变异,即...
这条命令就可以在【merge.vcf.gz】中检索有没有这个位点啦 我把这个问题位点写进了一个bed文件,chr08[tab]23426670[tab]23426670 less查看 不写bed文件也可以: vcftools --gzvcf 【merge.vcf.gz】 --chr 【chr08】 --from-bp 【23426670】 --to-bp 【23426670】 --recode --out 【analysis】- v0.1.1...
可以使用 merge 功能进行合并,与 concat“横向合并”不同,merge 合并为“纵向合并”,是合并不同样品到同一个 vcf 文件中。注意合并之前需要对每个样品创建索引。 代码语言:javascript 复制 #合并样品HG00100与HG00141bcftools merge a.vcf.gz b.vcf.gz-o merge.vcf 注意:输入文件必须是经过 bgzip 压缩的文件,...
1.新建了conda 2brad 环境 2.安装一系列软件,pear samtools bcftools plink,其中由于测序数据是双端测序150bp产生,2brad中2b型限制性内切酶BsaxI产生等长33bp序列,因此要对原始双端测序的数据进行merge和拆分。其中merge拆分时使用2bRADExtraction.pl 脚本,对应样本名称后可直接产生每个样本的酶切数据。 3.使用bowtie...
通过varscan等找到somatic mutations之后，想看多个样本的突变之间的交集。bcftools是用来处理vcf文件，可以进行各种相关的处理和分析。软件的安装可以使用conda，可以参考我往期的教程： https://www.jianshu.com/p/e82a8d799b13 vcf里面的突变如果没有按照染色体的位置排序，在后续的生成index的时候会报错，...
conda install -c bioconda bcftools It is also relatively straightforward to compile on Linux (if your system has all the prerequisites). The following code will install BCFtools (and HTSlib and SAMtools, which you will most likely be using as well) into the directory specified by dir=. dir=...
Genozip is also available on Conda and binary downloads, see installation options.Building from source: make -j (required for building: gcc 8.5 or above ; nasm).New: Genozip 15 - with Deep™ - losslessly co-compressing BAM and FASTQ files:Genozip Genozip is a commercial product, but ...
5、bcftools merge 将所有的突变合并成一个文件 #合并所有的突变到一个文件中 bcftools merge --force-samples -o concate.vcf.gz -O z Breast_1.vcf.gz Breast_2.vcf.gz Breast_3.vcf.gz 6、bcftools view 根据步骤4中计算的交集情况,提取相应的突变 ...
其中,通过conda安装的vcftools,可能不带vcf-concat等程序。从这一点看,bcftools更方便。 1个经验是:既然有GATK的MergeVcfs可用,那就尽量不用vcftools或bcftools,否则可能踩到另一个坑:不同程序对VCF文件的索引格式的要求不同、VCF的"FORMAT"列等也可能改变。
bcftools merge -O z sample1.snp.vcf.gz sample2.snp.vcf.gz -o merged_final.snp.vcf.gz # -O z:输入文件,有多少个vcf文件直接接多少个,以空格隔开 # -o:输出合并的vcf文件 二、数据过滤 合并后的vcf文件,需要进一步通过plink2或vcftools软件进行过滤。