基于Vcf文件进行基因单倍型分析 单倍型,是单倍体基因型的简称,在遗传学上是指在同一染色体上进行共同遗传的多个基因座上等位基因的组合;通俗的说法就是若干个决定同一性状的紧密连锁的基因构成的基因型。 单倍型分析举例: 不同样本中TtBtr-A基因的单倍型分布 TaHY5-like基因的单倍型全球分布 我们以目的基因X来进行实战...
单倍型 ,是 单倍体 基因型的简称,在遗传学上是指在同一染色体上进行共同遗传的多个 基因座 上 等位基因 的组合;通俗的说法就是若干个决定同一性状的紧密连锁的基因构成的基因型。 单倍型分析举例:(1) 提取基因X的基因区SNP (2) 重新编码vcf文件的基因型 我们这里主要针对双等位基因vcf文件...
第一步,利用GATK中 VariantsToTable 将vcf文件格式转化 gatk VariantsToTable \ -V test.vcf \ #输入文件 -R Genome.fa \ -F CHROM -F POS -F REF -F ALT -GF GT \ -O output.table #输出文件 第二步:使用如下R脚本将变量表转换为hapmap。 注意:仅仅在单倍体,双等位基因型SNP中得到测试 Rscript...
https://www.jianshu.com/p/57b2ae44a23f 使用默认参数识别基因组内的单倍体区块 plink.tags.list文...
是否有工具或脚本可以将阶段性VCF拆分为两个单独的单倍体VCF,每个单倍体VCF对应一个单倍型?(linux) c语言缓冲器存放原理 c语言课题设计倒计时 c语言按学号升序排列 c语言中无构造函数吗 c语言输入随机字符串 c语言测试用例的数量 c语言 运行其它程序 c语言软件占多大内存 页面内容是否对你有帮助? 有帮助 没帮助...
分子设计育种、基因编辑、单倍体育种、转基因技术、生物工程等技术不断创新并取得颠覆性突破,这些技术在农作物育种中逐步应用,显著提高育种效率。智慧育种在从实验室走向田间地头的过程中,倚仗于先进科技和信息化手段,呈现出多方面的深度整合,推动了现代农业的升级与可持续发展。