Options for initial SPM12 preprocessing 设定初步预处理相关参数a. tissue probability maps(TPM.nii)为组织分割的先验模板,提供某个空间位置出现某个组织(GM/WM/CSF)的先验概率,用于对每个体素所属组织贴标签。可自定义b. Affine Regularisation-选择配准的模板 Extended options for CAT12 preprocessing 精细化的预...
基于SPM12和CAT12的VBM分析预处理 (1)点击toolbox,选择cat12. spm下载好放进matlab文件夹中的toolbox,并添加至路径。 cat12放进spm12的toolbox中,注意:这里有两个spm12,放在第二个,spm12添加路径时也添加第二个。 cat12操作界面 (2)点击Segment 1.Volumes放入TI像。 2.Split job into separate processes并...
三个广泛用于SBM的受欢迎软件包,FreeSurfer(Martinos Center for Biomedical Imaging, Boston, MA, USA)、CIVET(McConnell Brain Imaging Center, Montreal, Canada)和Computational Anatomy Toolbox 12(CAT12)(Structural Brain Mapping Group, Jena, Germany),被广泛使用。这些方法中使用了不同的皮层分割方法:FreeSurfer...
此外,在患者中,VBM观察到辅助运动区的显著GM减少,而SBM在一些回(即中额回、上额回和上颞回)观察到显著的皮质厚度减少。 在Baima的报告中,对18名患有阻塞性睡眠呼吸暂停综合症的患者和32名健康对照组进行了VBM(SPM12)和SBM(CAT12)分析。与健康对照组相比,阻塞性睡眠呼吸暂停综合症患者在VBM中观察到上颞回、颞...
输入分割完的数据。 运行后会生成一个箱型图,可以在上面观察离群值。 不一定要用cat12做,VBM8中也有相应的功能。 体积数据文件获取 在cat12操作界面点击Get TIV。 点击XML files ,选择.xml格式的数据(数据储存在report文件夹中)。 其余默认,然后运行,会生成TIV.txt文件。
本文将详细介绍CAT12 VBM的处理流程,包括数据准备、预处理、分析和结果解释等。 数据准备 1.数据获取:收集研究对象的结构磁共振成像(MRI)数据,确保数据的质量和一致性。 2.数据格式转换:将原始MRI数据转换为NIfTI格式,以便后续处理。 3.数据检查:对转换后的数据进行质量检查,排除可能存在的异常或损坏。 预处理 1....
与VBM8工具包相比,CAT12 VBM工具包在检测颞叶癫痫的体积变化方面表现更好。此外,一些研究调查了各个VBM步骤及其参数化的影响。对用于配准的14种变形算法进行比较发现,ANTs标准化工具和DARTEL (CAT)的SyN是性能最佳的算法之一,其中SyN在被试间具有最高一致性,并且对噪声、部分容积效应和磁场不均匀性等因素具有较好的...
5.更新软件版本:确保你使用的MATLAB、SPM12和CAT12是最新版本。有时候,软件更新能修复此类问题。6.检查XML库:确保你的系统中安装了处理XML文件所需的所有库。MATLAB通常内置了这些功能,但有时可能需要额外配置。7.查看错误日志:查看MATLAB的错误日志或控制台输出,可能会有更具体的信息指出为什么XML...
其中,VBM处理及SBM对皮层厚度(Cortical thickness,CTH)的计算处理均按照CAT12工具箱提供的标准化处理流程进行。如:VBM分析包括偏场矫正、灰白质,脑脊液分割、空间标准化、平滑等操作(北京赛博尔医药科技有限公司开设有相关数据处理课程,详见文末!...
【字体颜色阐明:红色旳都是我添加旳,其他颜色基本上都是本文原有旳,此外我是按cat12这个工具包来补充旳,因此最佳结合cat12旳英文使用阐明一起看】 预解决 补充:【1、将要解决旳图像通过SPM中旳“Display”进行可视化后,点击显示页面左下方旳“Set Origin”,然后点击这个按钮旁边旳“Reorient”按钮,并保存成果(不拟...